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2024

美国科研的“霸主地位”还能维持多久?

导读在全球各国的科研竞争中,美国常年霸榜第一。然而,随着国际竞争的加剧,美国在科学领域的霸主地位正面临前所未有的挑战,尤其是来自中国的强劲竞争。近年来,中国在科研投入、科研人员数量、科研成果产出及专利数量等方面均取得了显著进步,部分领域甚至已经超越了美国。美国科学界开始担忧,美国是否正在将科学研究的领先地位拱手让给其他国家。齐 萱 | 撰文1美国凭借强大的科研实力,常年霸榜一直以来,美国在基础科学领域占据霸主地位,获诺贝尔奖的数量远超其他国家总和,这一辉煌战绩自二十世纪中叶以来便一直延续至今。在过去的五年里,美国科研更是取得了举世瞩目的成就。2020年,两家美国制药公司携手研发出新冠疫苗,为全球抗疫做出了巨大贡献,并以此研究获得诺奖。两年后,一家来自加利福尼亚的初创公司推出了革命性的人工智能工具ChatGPT,再次展示了美国在科技创新方面的实力。 今年,美国在研发领域的投入预计将高达一万亿美元,这一数字远超其他国家,足以显示美国对科学研究的重视与投入。 美国的实验室更是全球研究者的梦之所向,来自世界各地的顶尖人才汇聚于此,其中外籍科学家占据了美国科学、技术、工程和医学(STEM)领域博士学位持有者的43%。2中美科研竞赛白热化,美国对国际人才吸引力下降然而,近期美国科学界开始担忧,美国是否正在将科学研究的领先地位拱手让给其他国家,尤其是中国。在许多关键的科学指标上,中国已经超越了美国。华盛顿特区美国国家科学院院长Marcia McNutt在6月的一次演讲中坦言:“美国科学正在失去全球STEM领域领导地位的感知和现实。” 美国科学界面临的担忧多种多样。从研发资金的限制到科学研究的日益政治化,再到移民问题的激烈辩论,这些问题共同营造了一种“美国对外国人日益敌视”的氛围。 美国国家科学院、工程院和医学院(NASEM)在8月的一份报告中警告称,美国“再也不能想当然地认为它会继续成为世界顶尖人才的首选目的地”。这些学术机构呼吁政府采取全面措施,吸引和留住国际人才,并改善国内的STEM教育。 科研的驱动力是资金,美国长期以来在科学技术领域占据领先地位,很大程度上得益于其科研投入远超其他国家,仅2022年,美国花费了9230亿美元,约占全球研发支出的30%。然而,随着中国经济的腾飞,其研发支出也随之飙升,达到8120亿美元。按购买力平价调整后的数额,中国在2022年已经接近美国的水平,照此趋势,中国在2030年前将与美国并驾齐驱。 在科研人员数量、科研成果产出及专利数量方面,美国已失去领先地位。2016年,中国成为科学与工程领域论文的最大生产国。2019年,中国在科学与工程领域授予的博士学位数量超过了美国。而根据美国国家科学基金会(NSF)3月发布的一份报告,2021年,中国在国际专利申请方面跃居首位。 尽管如此,一些研究科学指标的学者仍认为,中国在科研成果质量方面仍落后于美国。然而,这一局面也在发生改变。根据Web of Science数据库的数据,2020年,中国在全球被引次数最高的1%论文中所占份额超过了美国,这是衡量高影响力工作的一项指标。虽然被引次数统计是衡量影响力的不完美指标,但中国科研成果质量的提升已显而易见。去年,中国在权威期刊上发表的论文数量超过了美国。 3保持合作和开放,或成美国科研守擂关键哥伦布俄亥俄州立大学的研究政策专家Caroline Wagner表示,被引次数最高的论文均出自美国、中国和欧洲研究人员的联合研究。因此,保持国际合作和开放的科学交流对于美国科学的未来发展至关重要。由于美国严重依赖国际人才来推动其科学引擎的发展,一个关键问题是,美国是否仍将是全球研究人员学习和工作的首选之地。美国越来越依赖海外研究人员:去年颁发的科学和工程博士学位中,超过三分之一授予了国际学生(持临时签证者),计算机科学领域的这一比例高达59%。 纽约约克敦海茨科技巨头IBM的研究主管、现任美国国家科学基金会监督机构美国国家科学委员会主席达Darío Gil表示:“在依赖外国人才方面,我们达到了前所未有的高度。” 如果美国无法继续吸引和留住全球顶尖人才,其科学领域的领先地位将难以维持。 在这个关键时刻,美国需要采取全面措施来应对挑战。政府应加大对科研的投入,确保科研资金充足并得到有效利用。同时,应积极推动国际合作和交流,加强与其他国家在科研领域的合作与互动。参考资料The US is the world’s science superpower — but for how long?https://www.nature.com/articles/d41586-024-03403-4

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2024

柳叶刀:世界首例!iPSC干细胞治疗恢复人类视力

王 聪丨撰文生物世界|来源我们眼睛的角膜覆盖着一个复层上皮,这是形成视力所必需的。在角膜缘(角膜边缘与巩膜相连接的解剖区域),角膜上皮包含一组干细胞储库,这些干细胞通过增殖为中央角膜提供持续的上皮细胞供应,维持其健康状态。当角膜缘干细胞缺乏或数量不足时,就会患上所谓的角膜缘干细胞缺乏症(LSCD)。单眼LSCD常与获得性非免疫介导的病因有关,例如热烧伤或化学烧伤引起的眼外伤。双眼LSCD可由获得性原发性免疫介导的病因、特发性或遗传性疾病引起。无论其原因是什么,LSCD通常会导致角膜表面被纤维结膜组织包裹,从而导致视力丧失。而且,这种疾病可选择的治疗方法非常有限,且效果难以确定。2024年11月7日,大阪大学的研究人员在国际顶尖医学期刊《柳叶刀》(The Lancet)上发表了题为:Induced pluripotent stem-cell-derived corneal epithelium for transplant surgery: a single-arm, open-label, first-in-human interventional study in Japan 的研究论文。该临床研究在世界上首次使用人诱导多能干细胞(iPSC)来源的角膜上皮细胞片(iCEPS)修复角膜缘干细胞缺乏症(LSCD)视力障碍患者角膜。结果显示,这项新型再生疗法是安全的,并帮助改善了患者的视力。研究团队计划开展更大规模的临床试验,以更好地了解该疗法的治疗效果。对于角膜缘干细胞缺乏症(LSCD)的治疗,需要先优化角膜表面,然后通过手术去除角膜表面的结膜瘢痕组织,最后植入功能性角膜上皮组织。植入物材料的选择取决于患者的具体情况。对于单眼LSCD患者,应首先考虑自体移植手术,因为这种移植通常能产生更好的长期移植物存活率。对于双眼LSCD患者,则无法获得自体眼部组织,因此可以考虑的手术包括捐献角膜缘干细胞移植、同种异体培养角膜上皮细胞移植以及自体培养口腔黏膜上皮细胞片移植。尽管这些治疗方法具有价值,但自体和异体移植方法都存在一些缺点。对于自体移植,需要对健康的角膜缘或口腔黏膜上皮组织进行活检,由于自体细胞来源的多样性和个性化制造流程的差异,导致治疗效果难以确定。自体培养口腔黏膜上皮细胞片移植在术后形成新血管不可避免,其严重程度各不相同,且难以控制。而同种异体移植则伴随着免疫排斥等风险。在这项研究中,来自大阪大学的眼科医生 Kohji Nishida 和他的团队使用诱导多能干细胞(iPSC)来治疗角膜缘干细胞缺乏症(LSCD)。研究团队从一个健康供体身上提取了血细胞,然后将重编程为iPSC,在将其转分化为一层薄薄的、透明的卵圆形角膜上皮细胞片。在这项研究中,研究团队招募了2名男性和2名女性双眼LSCD患者,他们的年龄在39-72岁之间。研究团队首先切除了患者一只眼睛角膜上覆盖的瘢痕组织层,然后缝合人iPSC来源的角膜上皮细胞片(iCEPS),并戴上柔性保护性隐形眼镜。接下来,研究团队进行了为期52周的随访以及额外1年的安全监测。结果显示,在52周随访期间,共记录了26起不良事件(治疗眼发生18起轻度事件和1起中度事件,以及7起轻度非眼部事件),而在1年的安全监测期间记录了9起不良事件。基于iPSC的细胞疗法,可能有发生肿瘤的风险。在这项研究中,在整个2年时间内,4名患者均未发生肿瘤,也未发生临床排斥反应,及时在2名未接受免疫抑制药物的患者也是如此。在第52周时,临床试验的次要指标显示,所有治疗眼的疾病分期均有所改善,矫正远视力提高,角膜混浊减少。1名患者在1年的监测期内视力改善情况出现轻微倒退,其余3名患者的视力改善情况得以持续。目前还不清楚患者在治疗后视力改善的确切原因,可能是由于移植细胞在患者的角膜中增殖,也可能是由于移植前清除了角膜上的瘢痕组织层,或者是移植引发了患者自体细胞从眼睛的其他区域迁移到角膜并恢复其活力。总的来说,临床研究结果显示,这项新型再生疗法是安全的,并帮助改善了患者的视力。研究团队计划开展更大规模的临床试验,以更好地了解该疗法的治疗效果。论文链接https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(24)01764-1/fulltext

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2024

《癌症传》作者最新力作:无论我们如何努力,我们终将回到细胞

无论我们如何努力,我们终将回到细胞。——鲁道夫·菲尔绍,1858年悉达多·穆克吉 |撰文2017年11月,我目睹自己的朋友山姆·皮逝去,因为他的细胞背叛了其身体。2016年春季,山姆被诊断为患有恶性黑色素瘤。肿瘤最早出现在他的脸颊附近,看起来就像一个硬币大小的痣,表面为紫黑色且周围伴有光晕。山姆的母亲克拉拉是一位画家,夏末在布洛克岛度假时首次注意到了它。她曾经劝说、乞求甚至威胁山姆,让他去皮肤科医生那里检查,但山姆是一名忙碌活跃的大报体育记者,没时间去担心他脸颊上这个讨厌的疙瘩。虽然我不是他的肿瘤科医生,但有一位朋友请我帮忙看看。2017年3月,当我看到山姆并为他做检查的时候,肿瘤已经长成一个拇指大小的长椭圆形肿块,并且有迹象表明肿瘤在皮肤内形成了转移灶。当我触摸到肿块时,他疼得皱起了眉头。面对癌症与见证其移动是两种截然不同的体验。黑色素瘤已经从面部向他的耳部扩散。如果你仔细观察就会发现,它就像在水面行驶的渡船一样,留下一串斑点状的紫色尾迹。即使是山姆,这位一生都在研究速度、运动与敏捷的体育记者,也对黑色素瘤的发展速度感到十分惊奇。为什么,他不停地问我,为什么,为什么,为什么,难道是一个在他的皮肤中静静沉寂了数十年的细胞,突然获得了能在其面部快速扩散与疯狂分裂的特性?但癌细胞并没有“发明”任何这些特性。它们不是重新构建,而是在劫持细胞,或者更准确地说,最适合生存、生长与转移的细胞会被自然选择出来。细胞用来合成生长所需构件的基因与蛋白质,源于涉及胚胎发育初期快速增长的基因与细胞。癌细胞在身体中到处随意游走所使用的通路,是从体内本可以自由移动的细胞中强行征用的。使癌细胞能够无节制进行细胞分裂的基因,是正常细胞中允许分裂基因的扭曲突变版本。简而言之,癌症是细胞生物学在病理镜像中的表现。作为一名肿瘤学家,我首先是一名细胞生物学家,只不过我是通过镜中的反射与倒影来感知正常细胞世界的。 2017年初春,医生给山姆开了一种药,该药可以将其T细胞变成一支军队,以对抗正在他体内肆虐的叛军。想象一下这种场景:在数年甚至数十年的时间里,山姆的黑色素瘤与他的T细胞共存,基本上互不打扰。他的免疫系统对于其体内的恶性肿瘤置若罔闻。每天都有数以百万计的T细胞与黑色素瘤擦肩而过,然后继续前行,这些T细胞就像是对一场细胞灾难视而不见的旁观者。医生给山姆开的药物有望揭开这种肿瘤的隐身衣,并使山姆的T细胞将黑色素瘤识别为“外来”入侵者加以排斥,就像T细胞排斥被微生物感染的细胞一样。原本被动的旁观者将成为主动的执行者。我们正在改造他体内的细胞,使以前看不见的东西能够显现。这种“揭开隐身衣”的药物的发现源自20世纪50年代细胞生物学激进发展的巅峰:人们理解了T细胞用来区分自我与非我的机制,识别出这些免疫细胞检测外来入侵者的蛋白质,发现了正常细胞抵抗这种检测系统攻击的途径,以及癌细胞利用上述检测系统使自己隐身的方式,并且发明出一种能够揭开恶性细胞隐身衣的分子。每一种洞见都建立在既往领悟的基础之上,每一次发现都由细胞生物学家们辛勤习得。几乎是在山姆刚开始治疗时,他的身体中就爆发了一场内战。他的T细胞被癌症所唤醒,用来对抗自己的恶性细胞,从而引发了更多报复性循环。某天早上,由于免疫细胞浸润肿瘤并导致炎症反应,他脸颊上的深红色病灶异常发热;然后,恶性细胞收拾行囊离去,只留下即将熄灭的篝火。几周之后我再次见到他的时候,长椭圆形肿块及其后面的斑点均已消失。取而代之的是垂死的肿瘤残余物,看上去就像一颗干瘪的大葡萄干。山姆的病情已经处于缓解状态。 我们共饮咖啡以示庆祝。缓解不仅改善了他的身体状况,还让他在心理上充满了活力。几个星期以来,我第一次看到他脸上忧虑的皱纹舒展开来。他笑了。但是,后来情况发生了变化:2017年4月是一个残酷的月份。攻击其肿瘤的T细胞转向攻击他的肝脏,引发了自身免疫性肝炎,而这种肝炎几乎无法用免疫抑制药物来控制。11月,我们发现之前还处于缓解期的癌症,已经侵入了山姆的皮肤、肌肉与肺部,在这些新器官中隐藏并寻找栖息地,以逃避免疫细胞对其发起的攻击。山姆在这些胜利与挫折中保持着钢铁般的尊严。有时,他那讽刺的幽默似乎就是自己反击的武器:他要把癌症彻底击垮。有一天,当我在新闻编辑室的桌前拜访他时,我询问他是否需要一个私密空间,或许是男卫生间,以便向我展示新发肿瘤出现的地方。他轻松地笑着说:“等我们到洗手间的时候,它就会转移到新的部位。最好趁它还在这里的时候看看。”医生减弱了免疫攻击以控制自身免疫性肝炎,但是随后癌症却复发了。于是他们重新开始用免疫疗法来攻击癌症,可又引发了急性重型肝炎。这就像是在观看某种斗兽比赛:如果把免疫细胞用绳索拴住,它们势必挣脱锁链攻击杀戮。如果放开对免疫细胞的束缚,它们就会无差别攻击癌症与肝脏。我首次触摸到其肿瘤几个月后,山姆在一个冬季的清晨去世了。最终,黑色素瘤完胜。 在2019年一个狂风大作的午后,我参加了位于费城的宾夕法尼亚大学举办的一次会议。近千名科学家、医生与生物技术研究人员聚集在斯普鲁斯街的一座砖石礼堂中。他们在那里讨论一项大胆的医学前沿进展:将基因改造的细胞移植到人体内治疗疾病。会上讨论了T细胞修饰、能够将基因传递到细胞内的新型病毒,以及细胞移植领域的下一个重大进展。台上与台下的语言似乎让人感到,生物学、机器人学、科幻小说与炼金术齐聚在一个狂欢之夜,孕育出一些前沿学科交叉融合的成果,例如“重启免疫系统”“治疗性细胞重构”“移植细胞的长期存活”。总之,这是一次关于未来的会议。但是眼前的现实同样重要。坐在我前面几排的是埃米莉·怀特黑德,当时十四岁的她比我的大女儿年长一岁。怀特黑德有一头凌乱的棕色头发,穿着黄黑相间的衬衫与深色裤子,她正处于白血病缓解的第七年。“她很高兴能少上一天课。”怀特黑德的父亲汤姆告诉我。埃米莉在听到这句话时露出了微笑。埃米莉·怀特黑德是第七号患者,她曾经在费城儿童医院接受治疗。几乎所有在场的观众都认识或听说过她,因为埃米莉改变了细胞疗法的历史。2010年5月,埃米莉被诊断为急性淋巴细胞白血病(ALL)。这种疾病是进展最快的癌症之一,并且往往发生在幼童身上。ALL治疗通常涉及最为激进的化疗方案:采用七八种不同药物的联合治疗,有些药物会被直接注射到脑脊液中,以杀伤隐藏在大脑与脊髓里的癌细胞。治疗会对患者的身体造成附带损害,例如手指与脚趾的永久性麻痹、脑损伤、发育迟缓与危及生命的感染等,因此可能会让人望而却步,但是这种治疗方法可以治愈大约90%的患儿。不幸的是,埃米莉的癌症就属于剩下的10%,标准疗法被证实对其无效。她在接受治疗16个月后白血病复发。埃米莉被列入骨髓移植的名单,而这是唯一能够治愈她的选择,但在等待合适的供体期间,埃米莉的病情出现了恶化。 “医生告诉我不要上网搜索(她的生存率),”埃米莉的母亲卡莉告诉我,“然而,我毫不犹豫就这么做了。”卡莉在网上搜索到的情况令人不寒而栗:早期复发或两次复发的患儿几乎无人幸存。当埃米莉于2012年3月初抵达费城儿童医院时,她几乎所有的器官都被恶性细胞所占据。埃米莉在此接受了斯蒂芬·格鲁普医生的诊治,他是一位温文尔雅且身材魁梧的儿科肿瘤专家,脸上留着的胡须总是在跟随其丰富的表情颤动。随后埃米莉参加了一项临床试验。埃米莉参加的试验涉及将她自己的T细胞输注到其体内。但这些T细胞必须通过基因疗法武装起来,使其能够识别并杀伤她体内的癌细胞。与山姆通过药物来激活体内免疫力不同的是,埃米莉的T细胞是提取后在其身体外生长的。这种疗法由纽约斯隆—凯特琳研究所的免疫学家米歇尔·萨德兰,以及宾夕法尼亚大学的卡尔·朱恩教授首创,他们在以色列科学家泽利格·埃沙尔先前的基础上进行了完善。我们所坐的地方离细胞治疗单元只有几百英尺(1英尺≈ 0.3米),这是一个类似于金库的封闭设施,配备有钢门、无菌室与培养箱。那里有几组技术人员正在忙着处理细胞,细胞则来自数十位参加临床研究的患者,随后这些细胞将被储存在大桶状的液氮罐中。每个液氮罐都会以动画片《辛普森一家》中的某个角色命名,埃米莉的部分细胞就被冷冻在名为“小丑库斯提”的液氮罐内。她的另一部分T细胞在经过人工修饰后,能表达一种识别与杀伤其白血病的基因,这些在实验室培养的细胞以指数级别增长,然后被送回医院并输注到埃米莉的体内。 输注过程持续了三天,基本上没有什么意外。当格鲁普医生将细胞滴入其静脉时,埃米莉正在吸吮着冰棒。晚上,她与父母住在附近的一位阿姨家。在前两个晚上,埃米莉让父亲背着她玩游戏。然而,到了第三天,她的情况急转直下:出现呕吐与高热症状。怀特黑德夫妇急忙把她送回医院。埃米莉的病情迅速恶化。她的肾脏功能已经衰竭。埃米莉的意识状态飘忽不定,濒临多器官系统衰竭的边缘。“怎么会这样?”埃米莉的父亲汤姆对我说。六岁的女儿埃米莉被转移到重症监护室,夫妇二人与格鲁普在那里整夜守候。作为治疗埃米莉的内科专家,卡尔·朱恩坦率地告诉我:“我们当时认为她的希望非常渺茫。我给大学的教务长写了一封电子邮件,告诉他首批接受治疗的患儿之一危在旦夕。临床试验已经结束。我把邮件保存在发件箱,但是从未点击过发送键。”宾夕法尼亚大学的实验室技术人员连夜工作以明确发热的原因。他们没有发现感染的证据;相反,他们发现血液中的细胞因子水平升高,而这些分子是活动性炎症释放的信号。特别值得注意的是,一种被称为白介素—6(IL—6)的细胞因子水平几乎是正常值的一千倍。当T细胞杀伤癌细胞时,它们会释放出化学信使风暴,这些分子就像骚乱的人群,疯狂地散发着煽动性的传单。然而,巧的是,朱恩自己的女儿患有一种名为青少年关节炎的炎性疾病。他知道FDA(美国食品药品监督管理局)在四个月前刚刚批准了一种可以阻断IL—6的新药。作为最后的努力,格鲁普急忙向医院药房提出申请,请求允许超适应证使用这种新疗法。药事委员会当晚批准了使用IL—6阻断药物的申请,格鲁普在重症监护室为埃米莉注射了一剂药物。 两天后,也就是在她七岁生日那天,埃米莉醒了过来。“嘭。”朱恩医生挥舞着双手说道。“嘭,”他重复道,“它就这样消失了。二十三天后,我们做了一次骨髓活检,她的病情已经完全缓解。”格鲁普告诉我:“我从未见过病情如此危重的患者恢复得这么快。”对埃米莉病情的巧妙处理,以及她惊人的康复能力,拯救了细胞治疗领域。埃米莉·怀特黑德至今仍处于完全缓解状态。她的骨髓与血液中都检测不到癌。她被认为已经痊愈。朱恩告诉我:“如果埃米莉不幸去世,整个试验很可能会被叫停。”而这将使细胞治疗倒退十年甚至更久。在会议的休息期间,朱恩医生的同事布鲁斯·莱文博士带领埃米莉和我参观了医学园区。他是宾夕法尼亚大学T细胞修饰、质控与生产部门的创始主任,也是第一批处理埃米莉细胞的专家之一。这里的技术人员单独或成对工作,他们忙着确认项目清单,优化操作流程,在培养箱之间转移细胞,以及对手部进行消毒。这里几乎可以被视为埃米莉的小型纪念馆。墙壁上贴满了她的照片。八岁的埃米莉,扎着小辫子;十岁的埃米莉,拿着一块奖牌;十二岁的埃米莉,缺了门牙,微笑着站在贝拉克·奥巴马总统身边。在参观过程中的某一时刻,我看到埃米莉本人透过窗户望着街对面的医院。她几乎可以看见位于角落的重症监护室,而埃米莉曾经被困在那里将近一个月。大雨倾盆而下,窗户布满水滴。埃米莉在医院里有三种状态,我非常想了解她会有怎样的感受:今天在宾夕法尼亚大学享受假期的她,照片中在重症监护室里生死未卜的她,以及冷冻在隔壁“小丑库斯提”液氮罐里的她。 “你还记得住院时候的情景吗?”我问道。“不,”她望着外面的雨说,“我只记得离开。”当我看到山姆病情的进退,以及埃米莉·怀特黑德令人惊叹的痊愈时,我知道我也正在见证一种医学的诞生,即细胞被重新用作治疗疾病的工具,而这就是细胞工程。但这也是一个历经数百年故事的重现。我们由细胞单元构成。我们的短板取决于细胞的弱点。尽管细胞工程仍处于萌芽阶段,但我们设计或操控细胞(在山姆与埃米莉的案例中是免疫细胞)的能力,已经成为一种新型医学的基础。如果我们知道如何在不引发自身免疫攻击的情况下,更有效地武装山姆的免疫细胞来对抗其黑色素瘤,他今天会不会还能手拿线圈本为报刊撰写体育报道?这两位新人类是细胞操控与细胞重构的例子。埃米莉的情况表明,我们对于T细胞生物学规律的理解,似乎足以将一种致命疾病遏制十多年,而且,很有希望让她终身获益。山姆的案例反映,对于如何平衡T细胞对癌症和自身的攻击,我们似乎仍然缺乏某些至关重要的洞见。未来会带来什么?请让我澄清一下:我在全书与英文版书名中均使用了“新人类”这个短语。并且我在使用这个短语时对其有非常明确的定义。我指的不是科幻视角下的未来“新人类”:那是一种人工智能增强、机器人技术改良、搭载红外线设备且服用蓝色药丸的生物,他们可以在现实与虚拟世界中幸福地共存,就像身着黑色宽松长袍的基努·里维斯一样。我指的也不是那些“超人类”,他们拥有超越我们当前一切的增强能力与潜能。我指的是一种通过修饰细胞重新构建的人类,他们的外观与感觉(在大多数情况下)与你我十分相似。一位饱受难治性抑郁症煎熬的女性,她的神经细胞(神经元)正受到电极的刺激。一位小男孩正在接受一项实验性骨髓移植,准备用基因编辑细胞治疗其镰状细胞贫血。一位1型糖尿病患者被注入自己的干细胞,而这些干细胞经过再造后能够产生胰岛素,以维持血糖,也就是其身体燃料的正常水平。一位历经多次心脏病发作的八旬老人,被注射了一种可定位至其肝脏的病毒,其能够永久性降低堵塞动脉的胆固醇,从而降低他再次心脏病发作的风险。我想到自己的父亲,如果他被植入了神经元,或者神经元刺激装置,那么他就能保持步态平稳,并且避免跌倒招致的死亡。 我发现这些“新人类”以及用于创造他们的细胞技术,要比那些纯属虚构的科幻作品角色更加激动人心。通过极限努力与无尽爱心精雕细琢的科学,以及新颖独特到令人难以置信的技术,我们改变了这些人,以缓解他们的痛苦:例如将癌细胞与免疫细胞融合,以产生治愈癌症的永生化细胞;或者从一个小女孩的身体中提取T细胞,将其用病毒改造为对抗白血病的武器,然后再把此类T细胞回输到她的身体内。我们将在本书的几乎所有章节中见到这些新人类。随着我们学会用细胞重建身体与器官,我们将在现在和未来与新人类相遇,无论是在咖啡馆、超市、火车站和机场,还是在社区和我们自己的家庭中。我们会在堂表亲、祖父母、父母与兄弟姐妹中找到他们,或许甚至是在我们自己身上发现他们的踪迹。19世纪30年代末,科学家马蒂亚斯·施莱登与特奥多尔·施旺提出,所有动植物的组织都是由细胞所构成的,从那时起,一直到埃米莉康复的那个春季,在不到两个世纪的时间里,一种全新的概念席卷了生物学与医学,几乎触及这两门学科的各个方面,并且永远改变了它们。复杂的生物体是由微小、独立、自我调节的单元组成的集合体,如果你愿意的话可以称之为“生命隔间”,或者如荷兰显微镜学家安东尼·范·列文虎克在1676年所说的“生命原子”。人类是由这些生命单元组成的生态系统。我们是像素化的集合体与复合物,我们的存在是合作聚集的结果。我们是由各个部分组成的整体。细胞的发现,以及人体作为细胞生态系统的重构,也宣告了一种基于细胞治疗操控的新型医学的诞生。髋部骨折、心脏停搏、免疫缺陷、阿尔茨海默病、艾滋病、肺炎、肺癌、肾衰竭、关节炎,所有上述问题都可以被重新理解为细胞或者细胞系统功能异常的结果。而所有这些疾病均可以被视为细胞疗法的靶点。基于我们对细胞生物学的新认知,医学的变革可以被大致分为四类。第一类是使用药物、化学物质或物理刺激来改变细胞的属性,也就是它们之间的相互作用、相互交流与行为方式。针对细菌的抗生素、癌症的化学疗法与免疫疗法,以及通过电极刺激神经元来调节大脑中的神经细胞回路都属于这第一类。第二类是细胞在不同机体之间的转移(包括重新回到我们自己的身体),例如输血、骨髓移植与体外受精。第三类是利用细胞合成某种物质,例如胰岛素或者抗体,对疾病产生治疗效果。最近,还出现了第四类变革:对细胞进行基因修饰后再开展移植,以创造具有全新属性的细胞、器官与身体。其中一些疗法,例如抗生素与输血,已经深深根植于医学实践中,以至于我们很少将它们视为“细胞疗法”。但是它们起源于我们对细胞生物学的理解(正如我们很快就会看到的,细菌理论是细胞理论的延伸)。其他一些疗法,例如癌症的免疫疗法,是21世纪的发展成果。此外,还有一些治疗方法非常新颖,例如通过输注修饰干细胞来治疗糖尿病,这样的方法仍然停留在实验阶段。然而,所有这些新旧措施都属于“细胞疗法”,因为它们均在很大程度上依赖于我们对细胞生物学的理解。并且每一次进步都改变了医学的发展方向,也改变了我们对人类存在与生活的认知。 1922年,通过输注从狗的胰腺细胞中提取的胰岛素,一位患有1型糖尿病的14岁男孩从昏迷中苏醒过来,可以说仿佛获得了重生。2012年,当埃米莉·怀特黑德接受CAR(嵌合抗原受体)T细胞输注时,或者在10年后,当首批镰状细胞贫血患者被基因修饰的造血干细胞治愈时,我们正从基因世纪过渡到与之交相辉映的细胞世纪。细胞是生命的基本单元。但是这引出了一个更深层次的问题。“生命”是什么?这可能是生物学中一个形而上学的难题,我们对于生命的界定与理解仍然存在争议。生命的定义无法通过单一属性来概括。正如乌克兰生物学家谢尔盖·索科洛夫所说:“每种理论、假说或观点,都会根据自身的科学兴趣与前提采纳生命的定义。在科学界的讨论中,有数百种常用的传统生命定义,然而却没有一种能够成为共识。”(2009年,索科洛夫不幸在其学术生涯的黄金时期去世,他对于上述问题应该十分清楚,因为这种现状一直令其困扰。他是一位天体生物学家。他的研究涉及寻找地球以外的生命。但如果科学家们仍在努力定义“生命”这个术语本身,那么他们又如何才能发现生命呢?)就目前而言,生命的定义就像一份菜单。它不是孤立的概念,而是一系列事物、一整套行为、一连串过程的集合,具有纷繁复杂的属性。为了生存,有机体必须具备繁殖、生长、新陈代谢、适应刺激与维持其内部环境的能力。复杂的多细胞生物还有我所谓的“涌现”性质:来自细胞系统的性质,例如抵御伤害与入侵的机制、具有特殊功能的器官,甚至包括感知与认知的器官间生理通信系统。而所有这些性质最终都寄托在细胞或细胞系统中并非巧合。因此,在某种意义上,我们可以将生命定义为拥有细胞,并且将细胞定义为拥有生命。 这种递归定义并非毫无意义。如果索科洛夫遇到了他寻找的第一个外星生物,例如,一位来自半人马座阿尔法星系的外星人,他可能会询问这个生物是否“有生命”,以及是否符合生命属性的定义。但是他也可能对这个生物提出这样的疑问:“你有细胞吗?”我们很难想象没有细胞的生命,正如无法想象没有生命的细胞。或许这个事实彰显了细胞故事的重要性:我们需要通过细胞来了解人体。我们需要通过它们来理解医学。但最重要的是,我们需要细胞的故事来讲述生命与我们自己的故事。那么,细胞是什么呢?从狭义上讲,细胞是一种充当基因解码机的自主生命单元。基因提供指令,或者说是密码,来构建蛋白质,这些分子在细胞中几乎执行所有工作。蛋白质能够促成生物反应,协调细胞内的信号传递,构建细胞的结构元素,以及通过开启与关闭基因来调控细胞的身份、代谢、生长与死亡。它们既是生物学中的核心执行者,也是让生命成为可能的分子机器。基因携带着构建蛋白质的遗传密码,其物理定位是在一种叫作脱氧核糖核酸(DNA)的双链螺旋分子上,而它在人类细胞中被进一步包装成名为染色体的线团状结构。据我们所知,DNA存在于每个活细胞中(除非它已经被从细胞中移除)。科学家一直在寻找使用DNA以外分子来携带其指令的细胞,例如RNA,但是迄今为止,他们还从未发现过携带RNA指令的细胞。我所说的解码,指的是细胞内分子读取遗传密码中的特定部分,就像管弦乐团中的乐师读取他们各自的乐谱一样,细胞以此方式诠释了它独特的歌曲,从而使基因的指令以实际的蛋白质形式得到呈现。或者,简而言之,基因携带密码,细胞破译密码。细胞因此将信息转化为形式,并将遗传密码转化为蛋白质。脱离细胞存在的基因毫无生命力,只是储存在惰性分子中的说明书,没有音乐家愿意配合演奏的乐谱,无人阅读其中书籍的孤独图书馆。细胞为基因带来物质性与实体性。细胞使基因焕发了生命力。 但细胞不仅仅是一台基因解码机。通过合成其基因中编码的一组特定蛋白质,细胞在解读基因密码后就成为一台整合机。细胞使这组蛋白质(以及由蛋白质合成的生物化学产物)相互协同,然后开始协调其功能与行为(细胞运动、新陈代谢、信号传导、营养输送、环境感知),从而获得生命的基本特征。而这种行为反过来又表现为生物体的行为。生物体的新陈代谢取决于细胞的新陈代谢。生物体的繁殖取决于细胞的繁殖。生物体的修复、生存与死亡取决于细胞的修复、生存和死亡。器官或生物体的行为取决于细胞的行为。生物体的生命取决于细胞的生命。最后,细胞还是一台分裂机。正是蛋白质这种细胞内分子,启动了复制基因组的过程。随后细胞的内部组织结构发生了变化。染色体,即细胞的遗传物质所在地,发生分离。细胞分裂是生命的基本与定义特征之一,它推动着生长、修复、再生与最终的繁殖。我一生都在与细胞打交道。每当我在显微镜下看到一个细胞时,那种光彩夺目、熠熠生辉、生机勃勃的感觉,都会让我重温初次见到细胞时的兴奋。1993年秋季的一个周五下午,我作为研究生来到牛津大学阿兰·汤森实验室学习免疫学大约一周后,我将一只小鼠的脾脏磨碎,将带血的混合物加入含有T细胞刺激因子的培养皿中。周末过去之后,我在周一早上打开了显微镜。房间里的光线暗淡,甚至无须拉下窗帘,而牛津城总是如此(如果说万里无云的意大利是为望远镜而生的地方,那么阴霾昏暗的英国似乎就是为显微镜而量身定制)。然后,我把培养皿放在显微镜下。在组织培养基下漂浮着大量半透明的肾形T细胞,它们散发出一种我只能形容为光泽饱满的感觉,这是细胞健康与活跃的迹象。(当细胞死亡时,光泽逐渐变暗,它们会收缩变成颗粒状,或者用细胞生物学的术语来说,就是固缩。) “仿佛眼睛在凝视着我一样。”我自言自语道。然后,令我吃惊的是,T细胞开始移动起来,目的明确地寻找可能需要清除与杀伤的感染细胞。它们彰显出勃勃生机。多年之后,观察人类中细胞革命的发展不免令人陶醉与痴迷。当我首次在宾夕法尼亚大学礼堂外一处灯火通明的走廊里见到埃米莉·怀特黑德时,仿佛她为我打开了一扇跨越时空的大门。我起初接受的是免疫学培训,然后成了干细胞科学家,接着又从事过癌症生物学研究,最后才跻身于医学肿瘤学家之列。埃米莉代表了人们在既往付出的全部心血,这里不仅有我的努力,更重要的是还有成千上万研究人员的辛勤血汗,他们在漫长的日夜里俯视着不计其数的显微镜。她象征着我们想要深入细胞的明亮内核,以及去理解它无穷无尽迷人奥秘的渴望。她承载了我们见证一种新型医学诞生的迫切期望,而这种医学就是基于细胞生物学解析的细胞疗法。我到山姆的病房去看望这位好友,目睹他的病情周而复始地缓解与复发,这让我感受到一种与振奋截然相反的寒意,以及对还有多少知识尚待学习与了解的忧虑。作为一名肿瘤学家,我关注的是那些横行霸道的细胞,它们闯入了本不应该存在的领域,并且不受控制地分裂。这些细胞扭曲并颠覆了我在本书中描述的行为方式。而我需要努力去理解发生这种情况的原因与机制。你们可能认为我是一个陷入颠倒世界的细胞生物学家。细胞的故事已经融入了我的科研工作与个人生活。 当我在2020年初至2022年期间奋笔疾书时,新冠疫情继续在全球范围内肆虐。我任职的医院、我迁居的纽约市以及我的故乡到处都充斥着患者与逝者。到了2020年2月,在我所工作的哥伦比亚大学医学中心里,ICU病床上躺满了被自己分泌物淹没的患者,只能通过机械通气来强迫他们的肺部进行呼吸。2020年的初春格外凄凉。纽约成了一个风雨飘摇的大都市,人们在空旷的大街小巷中相互躲藏。2021 年4月和5月,几乎是在疫情暴发后一年,印度才遭受了最致命的病例激增。尸体在停车场、背街小巷、贫民窟与儿童游乐场被焚烧。在火葬场,由于熊熊烈火燃烧得太过频繁且十分迅猛,因此支撑尸体的金属格栅都被腐蚀与熔化。起初,我还坚持在医院出门诊,后来,当就诊的癌症患者寥寥无几时,我就与自己的家人一起居家隔离。凝视着窗外的地平线,我又一次想起了细胞,还有免疫及其遭遇的困扰。耶鲁大学病毒学家岩崎明子告诉我,新冠病毒引起的核心病理是“免疫失调异常触发”,也就是免疫细胞的调节异常。我以前甚至都没听说过这个术语,但是它的影响力让我十分震撼:从本质上讲,这种大流行病也是一种细胞病。是的,虽然病毒无处不在,但是在没有细胞时,病毒是惰性的,不具备生命力。我们的细胞唤醒了瘟疫并使其恢复了活力。为了掌握大流行病的核心特征,我们不仅需要理解这种病毒的特异性,还需要理解免疫细胞生物学及其面临的困扰。在那段时间里,似乎我的所有思绪与状态都与细胞这个主题紧密相连,我不确定有多少内容是根据主观意愿创作的,有多少成分是这个领域迫切需要表达的。 在《癌症传》中,我描述过探索治疗或预防癌症的艰辛历程。而《基因传》的写作动力则源自解读与破译生命密码的追求。如今《细胞传》即将带领我们踏上一段非比寻常的旅程,也就是从细胞这个最基本的单元来理解生命。这本书的内容与寻求治愈或破译密码无关。整部作品中不存在特定的对手。其主要人物希望通过了解细胞的解剖、生理、行为,以及它们与周围细胞的相互作用来认识生命。这是一首细胞之歌。他们的医学探索是为了寻觅细胞疗法,利用人体基本构件来重建与修复人体。因此,我只好选择了一种与众不同的叙事结构,而非像既往那样按照时间顺序逐渐展开。书中的每个部分都是围绕复杂生物的基本属性进行探讨。每个部分都是一段微缩的历史,记录一个探索发现的演进过程。每个部分都阐明了生命的一个基本属性(繁殖、自主性、新陈代谢),且它们都存在于一个特定的细胞系统中。每个部分都包含了新型细胞技术的诞生(例如,骨髓移植、体外受精、基因疗法、脑深部电刺激、免疫疗法),这些技术源自我们对于细胞知识的理解,并挑战了我们对人类构成与功能的概念。这本书由各个部分汇集而成:无论是历史与个人经历,生理学与病理学,过去与未来,还是我作为一名细胞生物学家与医生成长的亲身体验,均融合成了一个密不可分的整体。如果你们愿意接受这样的描述的话,那么可以说其组织架构与细胞相仿。当我在2019年冬季开始撰写这部作品时,我最初选择将其敬献给鲁道夫·菲尔绍。我被这位内向、勤奋与谦和的德国医学家所吸引,菲尔绍一直在抵制自己所处时代的病态社会力量,他倡导思想自由,捍卫公共卫生,鄙视种族主义,创办了自己的期刊,为医学开辟出一条独特且自信的道路,并在理解细胞功能障碍,也就是他所说的“细胞病理学”的基础上,开启了对器官与组织疾病的研究。 最后,我的故事将重新回到一位朋友,也是正在接受一种新型免疫疗法治疗的癌症患者,以及埃米莉·怀特黑德的身上,这些患者为我们理解细胞与细胞疗法拓展了新思路。他们是体验我们对细胞人体治疗的早期尝试,并且将细胞病理学转化为细胞医学的先行者,虽然取得了一些成功,但也遭遇了一些失败。本书谨献给他们和他们的细胞。

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11/06

2024

“中国行动计划”欲重启?这次担忧的不仅是在美华人科学家

导读9月11日,美国众议院高票通过为期6年的“中国行动计划”法案,欲重启这一计划。此外,众议院还通过了一系列针对中国的相关法案,除了重启“中国行动计划”外,还通过了限制中国人拥有房产的法案。在意见表决上,目前白宫是持反对意见的。2年前,拜登亲自中止了这一行动计划。随后司法部和美国NIH都纷纷不再履行这一计划。据悉,尽管目前美国众议院的这一系列法案已获得通过,但所有在众议院通过的法案仍需经过参议院的全票通过,才能送至总统案头签署成为法律。齐 萱 | 撰文01美国众议院重启“中国行动计划”最近,由众议院共和党人主导,旨在推进一系列针对中国的立法议程。自周一起,已有约二十项针对中国经济、政治及科技影响力的法案相继获得通过。其中由德克萨斯州共和党众议员Lance Gooden提出的首项法案尤为引人注目,该法案提议在司法部下重启为期6年的“中国行动计划”,并制定一项针对实验室和大学研究人员的执法战略。该法案以237票对180票获得通过。 此番众议院重启“中国行动计划”的尝试,无疑在华盛顿内外引发广泛争议。一方面,支持者认为这是保护美国国家安全和科技优势的必要之举;另一方面,反对者则担忧此举可能再次引发种族偏见和不当起诉的问题。美国亚裔团队对美国众议院这一提案表示反对和担忧 在本周二的一份声明中,白宫明确表示“强烈反对”Gooden提出的法案,尽管白宫仍“致力于在21世纪的经济竞争中击败中国”。02什么是“中国行动计划”“中国行动计划”(China Initiative)是2018年11月特朗普政府时期美国司法部启动的一项旨在应对所谓来自外国的“安全和技术威胁”的计划,初衷是打击经济间谍活动。该计划要求美国94个地区的司法部门每年至少提出一至两起针对中国的诉讼,引发了广泛的争议和不公。 在“中国行动计划”实施期间,美国司法部要求各地司法部门积极行动,对参加中国高校或科研机构合作的科研人员(包括美国本土科学家和华裔科学家)展开了大量调查和起诉,不仅导致大量的冤假错案,也引发大面积的科研人员恐慌,大量的华裔科学家在这一时间段纷纷返回中国。 据麻省理工科技评论统计,截至2021年底,在美国司法部“中国行动计划”专题网站上列示了77起案件,150多人被起诉,其中逾九成为华人华裔。 2022年2月,拜登政府宣布废除“中国行动计划”。但在这之后,华裔科学家的科研之路仍然充满了恐慌和荆棘。03华裔科学家心中的阴霾在“中国行动计划”下,大量华裔科学家成为调查对象,他们被指控涉嫌经济间谍活动、技术盗窃等罪名。这些调查往往缺乏充分的证据,但足以摧毁科学家的职业生涯。 “中国行动计划”制造了强烈的“寒蝉效应”,许多华裔科学家因担心受到无端怀疑和调查而选择保持沉默,不敢公开自己的研究成果和合作情况。这种氛围严重阻碍了学术交流和合作,使得许多有价值的科研项目无法顺利开展。 麻省理工学院机械工程系教授陈刚 “‘中国行动计划’在科学家中营造了一种恐惧氛围,它驱逐并吓跑了众多才华横溢的人才,使他们不敢踏入美国,进而损害了我们国家在科学与技术领域的领导地位,”曾遭受指控但最终获得澄清的麻省理工学院机械工程系教授陈刚说道,同时他表示,“时至今日,我那段经历的创伤仍挥之不去。” 即使华裔科学家最终被证明无罪,他们在调查期间所遭受的负面舆论和质疑也会对其职业声誉造成长期损害。 不仅仅是对华裔科学家个人的负面影响,中美两国在科技领域的合作也受到了严重阻碍。许多原本计划中的合作项目被迫取消或暂停,导致双方在科技创新方面的合作成果减少。此外,在该计划的推动下,美国加强了对中国科技发展的遏制和打压,导致中美两国在科技领域的竞争进一步加剧。这种竞争不仅不利于双方的共同发展,也可能对全球科技创新产生负面影响。参考资料 Bill reviving US Justice Department’s ‘China Initiative’ passes House of Representativeshttps://www.scmp.com/news/china/article/3278161/bill-reviving-us-justice-departments-china-initiative-passes-house-representatives

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11/01

2024

中国论文“自引”比例高,或导致全球论文排名有失公正

导读 论文引用次数一直以来是衡量其学术影响力和传播效果的重要指标。被其他学者引用的次数越多,说明该论文被广泛接受和认可,具有较高的学术价值。近年来,中国在全球科研论文产出方面表现出色,论文总数连续多年位居世界第一。在高质量论文的排行上,目前中国也处于国际前列,而高质量论文通常基于论文的引用次数、发表在顶级期刊上的数量等指标。但近日science报道指出,从被引用论文来定论中国论文的质量,有失偏颇,最新研究显示:中国论文大量引用源自中国的学者,即所谓的“自引”,国人齐力推舟,于是引用次数上来了,这违背了论文引用的初衷。齐 萱 | 编译01中国高被引的文章中本土偏好比重大近年来,中国在衡量科学影响力的一项关键指标上跃居世界前列——中国研究人员发表的学术论文被其他科学家广泛引用的数量。然而,两项最新分析揭示了一个可能推动这一数字攀升的因素:大量引用源自同样来自中国的学者。一项研究显示,中国被引用次数最多的前10%论文中,超过一半的引用来自本国学者;另一项研究则发现了类似趋势,并暗示中国的全球研究排名可能低于初步印象。长期以来,引文分析师们已注意到,同一国家的科学家往往更倾向于引用本国的研究成果,但这两项虽未经过同行评审期刊发表的分析显示,中国在本土偏好方面尤为突出。今年8月,日本国家科学技术政策研究所(NISTEP)发布了一项研究,该研究挖掘了科睿唯安Web of Science数据库中记录的超过10亿次引用数据。研究人员选取了2020年至2022年间,来自25个国家的作者所发表的被引用次数最多的前10%论文,并根据引用这些论文的作者所属国家来分配引用次数。(当被引用和引用论文的作者来自多个国家时,则采用分数值分配。)结果显示,中国被引用次数最多的前10%论文中,有62%的引用来自国内学者,这一比例远高于其他国家。美国以24%的本土引用率位居第二,而其他发达国家如意大利和加拿大的本土引用率则分别仅为13%和6%。与此同时,慕尼黑路德维希·马克西米利安大学的Claudia Steinwender及其两位同事,则采用了一种新颖的方法,量化了中国本土引文偏见对其全球排名的影响。他们首先利用科睿唯安的影响因子(基于期刊被引用的次数)筛选出20个广泛科学领域内排名前10%的461种期刊。随后,他们检索了这些期刊在2000年至2021年间发表的所有论文,识别出超过2亿对被引用与引用论文的对应关系。研究结果显示,中国论文获得的引用中,有57%来自国内学者,这一比例在所有研究国家中最高,而美国则以37%的本土引用率位居第二。Steinwender对此表示,这一结果并不令人意外,“大国自然会有较大比例的本土引用,因为潜在的引用研究者数量众多。”这支由三位经济学家组成的研究团队指出,本土偏好不仅存在于科研领域,也是国际贸易的一个特征:国家倾向于消费本国生产的商品,而大国则受此影响更大。经济学家们已经开发出分析技术来纠正这种规模偏见,Steinwender及其同事也借鉴了这种方法,以探究中国的规模(以总发表量和总引用量衡量)如何影响其引文模式。他们发现,中国的本土引文偏见在主要国家中最为显著,表明中国的本土引用“超过了根据其规模所应预期的水平”。在纠正了这一本土偏见后,中国在2000年至2021年顶级期刊总引用量排名中从第二位降至第四位,落后于美国、英国和德国。这一研究提示我们,“中国在引文排名中的显著上升被夸大了”,Steinwender德及其同事表示。02哪些因素使得本土偏好增长迅速中国科研引文的本土偏好背后,有多重原因。广岛大学高等教育学者Futao Huang指出,中国研究人员正在产出“越来越多的高质量工作”。此外,许多中国机构采取了“在高影响力期刊上发表的战略重点”,这些期刊更容易吸引科学家的关注。复旦大学科学政策专家Li Tang表示,中国研究人员数量的“快速增长”使得他们更加了解国内的研究成果,同时,中国文化中的“关系”或相互支持的传统也起到了推动作用。这些因素“相互作用,共同促成了中国高水平的内部引用”。然而,除了这些正面因素外,一些不被提倡的做法也可能在起作用,如“引文堆砌”策略,即科学家为了提升同事和机构的引用次数,而引用可能与自己论文关联不大的工作。引文堆砌的作者期望同事能投桃报李,从而增加机构的声誉。这一现象引发了关于全球研究排名公正性的讨论。虽然本土引用在一定程度上反映了国内科研的活跃度和质量,但过高的本土引用率也可能导致排名失真,或许会掩盖了国际科研合作与交流的真实情况。尽管如此,中国学者的研究成果仍在持续吸引着更多的引用。据新华社上周报道,过去十年间,中国论文的平均引用次数达到16.2次,高于全球平均水平的15.76次,这一数据由中国科学技术信息研究所提供。这证明了中国科研在全球舞台上的崛起。在最新发布的《日本科学技术指标2024》年度报告中显示:美国与欧洲的学者正越来越多地引用中国学者的研究成果。这一发现令NISTEP的文献计量分析师Akiyoshi Murakami认为,中国正在进行“极具影响力的研究”。然而,他也提醒道:“在考虑国际比较和排名时,中国高比例的本土自我引用是一个不可忽视的因素。”原文链接China’s scientists often cite work from their own nation. Is that skewing global research rankings?https://www.science.org/content/article/china-s-scientists-often-cite-work-their-own-nation-skewing-global-research-rankings

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2024

暨南大学学者最新论文:运动改善焦虑障碍的分子机制

运动对于焦虑、抑郁等情感障碍的改善效果已得到大量人群研究的支持。目前对其背后生物学机制的解析主要包括了成体神经发生、单胺能神经递质、神经炎症等假说。在调控脑内微环境的同时,运动可以显著改善机体多组织器官的代谢稳态【1】。值得注意的是,在脑组织中的代谢模式存在着显著的空间特异性,如近期有研究显示神经元胞体组分主要进行有氧糖酵解,而远端轴突末梢则更多倾向于氧化磷酸化【2】。这些结果在说明细胞内能量代谢模式转换的同时,也提示了代谢分子对于细胞内分子通路的可能影响。机体高强度运动下各类组织细胞糖酵解产生大量乳酸分子,在为细胞提供能量的同时,也参与了多个分子通路调控。在脑组织中,有研究提示乳酸可能改善记忆形成【3】,及发挥抗抑郁作用【4】。但乳酸作为短时的能量代谢分子,如何在较长的时间维度上发挥持久作用,还缺少有力的机制解释。近年来新发现的蛋白质乳酰化修饰【5】,可能为解析运动改善情感障碍的代谢-脑机制提供理论模型。2024年8月19日,暨南大学粤港澳中枢神经再生研究院张力课题组,在Cell Metabolism期刊发表题为Physical exercise mediates cortical synaptic protein lactylation to improve stress resilience的论文,发现了运动后产生的乳酸分子,通过增强皮层特定突触蛋白的乳酰化修饰,改善突触结构及功能,缓解压力应激导致焦虑行为的机制。在这项研究中,团队利用慢性束缚压力应激(CRS)小鼠模型,首先发现了14天(每天1小时)的平板跑步机训练可缓解动物的焦虑样行为,并伴随外周-中枢中乳酸累积水平的升高。而利用DCA抑制乳酸生成,可逆转运动的抗焦虑效果。而利用对前额叶皮质蛋白样本进行了基于乳酰化修饰的蛋白组学定量分析,发现14天平板跑步机运动干预可显著改变多个突触相关蛋白的乳酰化水平。结合定制化抗体,进一步确认了突触蛋白SNAP91在885位点的赖氨酸乳酰化水平在运动后显著提升。随后,通过对SNAP91蛋白885位点进行定点突变(K885R)以抑制其乳酰化活性,并将这一突变蛋白表达在小鼠内侧前额叶皮质(mPFC)区域。透射电镜扫描显示,突触蛋白突变导致了突触前囊泡密度异常下降,并伴随突触结构蛋白表达下调和突触后致密部(PSD)形成异常。而将这一突变模型应用于CRS+平板跑步机运动干预模型,并结合在体双光子成像,课题组发现mPFC神经网络活动性在表达突变蛋白小鼠中显著下调,并伴随运动抗焦虑效果的抑制,说明运动通过影响SNAP91蛋白乳酰化,维持皮层神经元活动,发挥抗焦虑作用。综上,这项研究揭示了一条关键性“代谢-脑”通路,其中运动刺激组织产生的乳酸分子可通过影响SNAP91等突触蛋白的乳酰化修饰,改善mPFC突触结构和神经元活动性,缓解小鼠焦虑样行为(下图)。上述结果揭示乳酸这一能量分子在脑内的一条新的生物学机制,也为进一步研究神经组织中非组蛋白乳酰化修饰提供了参考。图: 运动-乳酰化抗焦虑模式图。张力研究员为本文的独立通讯作者,晏兰博士、博士生王雅杰等为论文的共同第一作者。论文工作得到了暨南大学苏国辉院士的支持,并依托暨南大学中枢神经再生教育部重点实验室完成。原文链接:https://doi.org/10.1016/j.cmet.2024.07.018参考文献1. Temporal dynamics of the multi-omic response to endurance exercise training. Nature, 2024. 629(8010): p. 174-183.2. Wei, Y., et al., Aerobic glycolysis is the predominant means of glucose metabolism in neuronal somata, which protects against oxidative damage. Nat Neurosci, 2023. 26(12): p. 2081-2089.3. Suzuki, A., et al., Astrocyte-neuron lactate transport is required for long-term memory formation. Cell, 2011. 144(5): p. 810-23.4. Yao, S., et al., Astrocytic lactate dehydrogenase A regulates neuronal excitability and depressive-like behaviors through lactate homeostasis in mice. Nat Commun, 2023. 14(1): p. 729.5. Zhang, D., et al., Metabolic regulation of gene expression by histone lactylation. Nature, 2019. 574(7779): p. 575-580.

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2024

中国年轻人肥胖相关癌症发病率急剧上升,00后是爷爷辈的25倍

王 聪丨撰文生物世界丨来源在发达经济体和转型经济体中,癌症是所有年龄段人群发病和死亡的一个主要原因。肥胖已被确定为至少12种癌症(结直肠癌、肝癌、胆囊癌、胰腺癌、乳腺癌、子宫癌、卵巢癌、肾癌、甲状腺癌、多发性骨髓瘤、贲门癌和食管腺癌)的致病因素,预计将取代吸烟成为癌症的主要可变致病因素。《柳叶刀》发布的最新数据显示,全世界范围内,肥胖率正在快速增长,患有肥胖症的儿童、青少年和成年人总数已超过10亿【1】。与此同时,肥胖相关癌症发病率同样在快速增长。肥胖已成为影响癌症发病率的重要公共卫生问题,而控制体重则是预防肥胖相关癌症的有效方法。像中国这样处于经济转型期的发展中国家,正面临着“肥胖大流行”,尤其是在儿童和年轻人中,肥胖作为多种癌症的已知危险因素,主要影响老年人群,但肥胖对年轻人群癌症发病率的影响尚未得到充分研究。2024年8月23日,首都医科大学附属北京同仁医院杨金奎教授团队在细胞出版社(Cell Press)旗下期刊 Med 上发表了题为:Rising incidence of obesity-related cancers among younger adults in China: A population-based analysis (2007–2021) 的研究论文【2】。该研究显示,2007年至2021年间,中国人的肥胖相关癌症发病率以惊人的速度增长(年增长率达3.6%),而肥胖无关癌症发病率则保持稳定。而且,这一增长在年轻人中尤为明显,这突显了改善公共卫生政策以解决中国日益增长的超重/肥胖率的迫切需要。在这项最新研究中,研究团队分析了来自中国一个基于人群的癌症登记数据,涵盖了1414万人(2007年至2021年),比较了肥胖相关癌症和非肥胖相关癌症的发病率,并应用年龄-时期-队列模型来评估其影响。 结果显示,在2007-2021年之间记录的651342例癌症病例中,48.47%与肥胖有关。12种世界卫生组织认定的肥胖相关癌症的年龄标化发病率(ASR)每年增长3.6%,而肥胖无关癌症(例如肺癌、膀胱癌)的年龄标化发病率则保持稳定。此外,该研究还显示,肥胖相关癌症在年轻人中激增,并且在连续几代人中呈上升趋势。但随着年龄的增长,肥胖相关癌症的年龄标化发病率的增长呈下降趋势,从25-29岁的15.28%下降到60-64岁的1.55%。也就是说,与老年人相比,更年轻人的肥胖相关癌症发病率更高,1997-2001年之间出生的人被诊断患有肥胖相关癌症的可能性是1962-1966年之间出生的人的25倍。研究团队预测,如不采取措施,中国的肥胖相关癌症的的年龄标化发病率(ASR)在未来十年中将几乎翻一番。总的来说,该研究显示,年轻成年人中的肥胖相关癌症发病率不断上升,这是一个重大公共卫生问题。日益增加的癌症负担强调了有针对性的制定干预措施以应对肥胖流行的必要性。2024年2月29日,《柳叶刀》发布的一项研究显示【1】,全世界患有肥胖症的儿童、青少年和成年人总数已超过10亿。其中值得注意的是,中国的成年男性和女性的肥胖率随在快速增长,但仍处于世界倒数。然而,中国未成年男孩和女孩的肥胖率已非常严重,分别达到了15.2%和7.7%,已经接近美国。论文通讯作者、首都医科大学附属北京同仁医院内分泌科主任杨金奎教授表示,如果我们不彻底改变肥胖的流行趋势,肥胖相关癌症发病率将不可避免地继续上升,这将给中国经济和医疗体系带来巨大负担。因此,我们迫切需要更有效和积极的方法,可能包括药物和卡路里标签,以减少中国的肥胖问题。论文链接1.https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(23)02750-2/fulltext2. https://www.cell.com/med/fulltext/S2666-6340(24)00294-0

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09/06

2024

Nature重磅:禁食是把双刃剑!禁食后重新进食,会促进干细胞再生,但也增加癌症风险

撰文丨王聪编辑丨王多鱼排版丨水成文低热量饮食和间歇性禁食已被证明有许多健康益处,被认为能够延缓年龄相关疾病的发生,甚至延长寿命。这一现象背后有许多复杂的机制。麻省理工学院之前的研究显示,禁食发挥其有益作用的一种方式是通过提高肠道干细胞的再生能力,有助于肠道从损伤或炎症中恢复。而在一项最新研究中,麻省理工学院的研究人员进一步发现,小鼠在禁食后开始重新进食,就会激活肠道干细胞的再生能力,然而,该研究还发现了这种再生能力带来的一个缺点——当再生期间发生癌性突变时,小鼠更可能患上早期肠道肿瘤。 该研究以:Short-term post-fast refeeding enhances intestinal stemness via polyamines 为题,于2024年8月21日发表在了国际顶尖学术期刊 Nature 上。这项研究提醒我们,禁食有助于肠道干细胞再生和愈合损伤,但也会增加致癌风险。论文通讯作者、麻省理工学院的 Omer Yilmaz 副教授表示,拥有更高水平的干细胞活性有利于再生,但随着时间的推移,过多的好事可能会带来更不利的后果。还需要进一步研究来确定禁食是否对人类也有着类似的“双刃剑”作用。驱动再生多年来,Omer Yilmaz 实验室一直在研究禁食和低热量饮食如何影响肠道健康。他们在2018年发表的一项研究中发现,在禁食期间,肠道干细胞(ISC)开始将能量来源从碳水化合物转换为脂质,还发现禁食显著提高了干细胞的再生能力。 然而,上述研究仍有一些重要问题尚未解答——禁食是如何触发这种干细胞再生能力的提升的?这种再生是何时开始的?自从该论文发表后,Omer Yilmaz 实验室一直专注于理解禁食究竟是如何促进再生的,以及,究竟是禁食本身促进了再生,还是禁食后的重新进食促进了再生。在这项最新研究中,研究团队发现,干细胞再生在禁食期间受到抑制,但在禁食后的重新进食期间会激增。研究团队跟踪了三组小鼠——一组禁食24小时,一组禁食24小时然后在24小时的重新进食期间允许随意进食,第三组作为对照组在整个实验过程中随意进食。 然后,研究团队分析了这些小鼠的肠道干细胞在不同时间点的增殖能力,结果显示,这些肠道干细胞在24小时的重新进食期结束时显示出最高水平的增殖,也就是第二组(禁食后重新进食组)小鼠的肠道干细胞再生能力最强,其肠道干细胞的增殖能力比那些禁食和完全没有禁食的小鼠的肠道干细胞都强。 论文通讯作者 Omer Yilmaz 表示,禁食和重新进食代表着两种截然不同的状态。在禁食状态下,细胞利用脂质和脂肪酸作为能量来源的能力使它们在营养物质缺乏时能够存活。然后,禁食后的重新进食状态真正推动了再生。当营养物质变得可用时,这些干细胞和祖细胞会激活相关程序,使它们能够构建细胞团并重新填充肠内壁。研究团队进一步发现,禁食后重新进食状态下的肠道细胞会激活mTORC1,该通路参与细胞的生长和新陈代谢,其作用之一是调控mRNA向蛋白质的翻译,所以当mTORC1被激活时,细胞会产生更蛋白质,这种蛋白质的合成对于干细胞的增殖至关重要。 这些肠道干细胞中mTORC1的激活还导致了大量多胺的产生,而多胺是有助于细胞生长和分裂。 抑制mTORC1、多胺代谢产物或蛋白质合成,会消除禁食后重新进食带来的再生或致癌作用。过犹不及该研究还发现,当干细胞处于这种高度再生状态时,它们更容易癌变。肠道干细胞是体内分裂最活跃的细胞之一,因为它们帮助肠道内壁每5-10天完全更新一次。由于它们分裂如此频繁,这些肠道干细胞成为肠道中癌前细胞最常见的来源。 该研究团队发现,如果在小鼠禁食后的重新进食阶段开启一个致癌基因表达,相比在禁食状态下开启该基因更有可能发展出癌前息肉。在重新进食状态下发生的癌症相关突变也比未经历禁食-重新进食周期的小鼠中发生的突变更有可能产生息肉。 论文通讯作者 Omer Yilmaz 表示,这项研究提示我们,禁食有益健康,但如果运气不好,在禁食后的重新进食时接触到了致癌物质,例如烧烤之类的食物,可能会进一步增加致癌风险。总的来说,该研究显示,短期禁食后重新进食通过激活mTORC1、促进多胺合成,进而增强肠道干性。因此,在规划基于饮食的再生策略时,必须仔细考虑和测试禁食-重新进食周期,以免增加癌症风险。此外,研究团队目前正在进一步探索多胺补充剂是否可在无需禁食的情况下有助于刺激肠道干细胞的再生。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-024-07840-z

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2024

10个中国人,就有6个感染!北大团队发现,根除幽门螺杆菌,可将胃癌风险降低近20%

题图 | Pixabay撰文 | 王聪胃癌(GC),是一种恶性肿瘤,是全球范围内较为常见的癌症之一,尤其在亚洲地区发病率较高。根据国际癌症研究机构(IARC)2020年统计数据,在中国,胃癌发病人数和死亡人数分别占全球的44%和48.6%。幽门螺杆菌,是一种常见的细菌,它主要寄生在人类胃部,它被认为是引起胃炎、胃溃疡和十二指肠溃疡的主要原因之一,与胃癌、胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤等疾病有密切的关系,70%的胃癌都和幽门螺杆菌有关,被世界卫生组织列为第一类生物致癌因子。在中国,幽门螺杆菌感染率大致为50%-60%,不同地区的感染率也有所不同,平均幽门螺旋杆菌的感染率为59%,这意味着,每10个中国人,就有6个感染。2024年7月31日,北京大学游伟程、潘凯枫、李文庆团队联合慕尼黑工业大学的研究人员在国际顶尖医学期刊" Nature Medicine "上发表了题为" Gastric cancer prevention by community eradication of Helicobacter pylori:a cluster-randomized controlled trial "的研究论文。研究团队对胃癌高风险地区山东临朐县进行了一项大规模研究,在180284名25-54岁人群进行的中位时间长达11.8年的随访显示,相比感染幽门螺杆菌但治疗失败的人,接受抗幽门螺杆菌治疗的人的胃癌发病率有所降低(风险比=0.86),而成功根除幽门螺杆菌的人胃癌发病率降低更为显著(风险比=0.81),这项大规模研究表明,在胃癌高风险地区进行幽门螺杆菌大规模筛查和根除具有预防胃癌的潜力。 此前已在哥伦比亚、日本、韩国以及中国的几个胃癌高风险地区(包括福建长乐、山东烟台和山东临朐)针对健康个体开展了多项评估幽门螺杆菌治疗对预防胃癌有效性的试验。早在1995年,游伟程等人就在中国胃癌高发地区山东临朐县发起了山东干预试验,14.7年的随访显示,幽门螺杆菌治疗使胃癌发病率在统计学上显著降低,22.3年的随访显示,幽门螺杆菌治疗在降低胃癌发病率方面的益处得以维持,并且还显著降低了胃癌死亡率。此外,对幽门螺杆菌治疗试验的Meta分析证实了这些效果,基于随访时间超过10年的试验报告显示了胃癌发病率和死亡率的降低,这些研究支持在无症状个体中根除幽门螺杆菌的治疗对胃癌的益处。 虽然这些随机试验的结果表明幽门螺杆菌治疗降低了胃癌的发病率,但这些研究的规模不够大,累计事件数量有限,留下了大量的知识空白。“检测和治疗”策略的有效性需要在大规模的基于人群的项目中得到证实,同时还需要进一步研究根除幽门螺杆菌的全部结局,例如对食管癌和其他癌症风险的影响。此前有Meta分析显示,幽门螺杆菌感染与食管腺癌风险降低有关,而与食管鳞癌风险升高有关,因此,幽门螺杆菌治疗对食管癌的影响仍不清楚。由于缺乏来自大规模基于社区的随机试验的充分证据,对于大规模公共卫生“检测和治疗”政策的认可达成的更广泛共识有限。关于治疗的益处是否会超过潜在危害,目前仍存在尚未解决的担忧,因此,需要在大规模基于人群的研究中探索幽门螺杆菌治疗项目的可行性。此外,幽门螺杆菌治疗是否会使年轻人受益仍有待阐明。为了解决与幽门螺杆菌感染治疗相关的这些不确定性,研究团队于2011年在山东临朐县开展一项大规模、基于社区的前瞻性整群随机对照试验,旨在确定幽门螺杆菌治疗对大量人群中胃癌发病率的影响。为了评估广泛效果,研究团队还将胃癌死亡率、总死亡率和其他癌症的发病率的关联作为次要结果进行了研究。 在这项研究中,通过13C-尿素呼气试验检测幽门螺杆菌呈阳性的个体被随机分配接受以下两种治疗:1)为期10天的四联抗幽门螺杆菌治疗(包括20毫克奥美拉唑、750毫克四环素、400毫克甲硝唑和300毫克柠檬酸铋);2)每天一次奥美拉唑和柠檬酸铋的症状缓解治疗。幽门螺杆菌阴性的个体则不接受任何治疗。研究团队将胃癌发病率作为主要结局进行了检查。在长达11.8年的随访中,共纳入来自山东临朐县980个村庄的180284名符合条件的参与者(参与者年来为25-54岁),共记录了1035例新发胃癌病例。在意向治疗分析中,接受抗幽门螺杆菌治疗的个体的胃癌发病率显著降低(风险比=0.86),而使用四联疗法成功根除幽门螺杆菌的个体的胃癌发病率下降更为显著(风险比=0.81)。研究团队表示,假设在全国范围内具有类似收益,即使基于保守效果估计,预计通过幽门螺杆菌治疗,中国每年可以预防超过85000例胃癌病例。针对胃癌亚型的进一步分析显示,成功根除幽门螺杆菌显著降低了非贲门胃癌累积风险(风险比=0.80),但未降低贲门癌累积风险(风险比=1.11),且治疗并未显著降低各种胃癌亚型的死亡风险。在按年龄进行的亚组分析中,对于参与试验时年龄小于45岁的人群,成功根除幽门螺杆菌降低了胃癌发病率(风险比=0.65)和死亡率(风险比=0.57),这种降低仅在非贲门胃癌亚型中显著。对于45岁及以上人群,抗幽门螺杆菌治疗对胃癌发病率和死亡率的影响在统计学上不显著,但在约9年的随访中,累积发病率曲线清楚地显示接受抗幽门螺杆菌治疗的人群胃癌发病率更低。在10天治疗期间,有1345名参与者报告了中度不良反应。在治疗期间或随访期间均未观察到严重的无法耐受的不良事件。总的来说,这项基于25-54岁参与者的大规模随机对照试验证实,幽门螺杆菌治疗降低了胃癌发病风险。该试验结果强化了证据基础,支持从成年早期开始在高风险社区环境中实施大规模幽门螺杆菌筛查和治疗,作为预防胃癌的公共卫生政策和临床实践。 论文链接:https://www.nature.com/articles/s41591-024-03153-w

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2024

斯坦福大学最新研究,这种饮食,仅2个月,生物年龄年轻1岁

题图 | Unsplash撰文 | 宋文法衰老,是一个复杂、多阶段、渐进的过程,发生在生命的整个过程。随着时间的流逝,人体的器官、肌肉会逐渐衰老,一些疾病也伴随着年龄的增长而发生,包括癌症、糖尿病、心血管疾病等。DNA甲基化,是一种DNA上的化学修饰,能够在不改变DNA序列的前提下,改变某些基因表达。DNA甲基化与衰老过程相关,可用于评估表观遗传衰老,DNA甲基化年龄和实际年龄之间的差异已被提出作为衰老的生物标志物,并且与年龄相关疾病的风险有关。2024年7月29日,美国斯坦福大学、TruDiagnostic的研究人员在"BMC Medicine "期刊上发表了一篇题为" Unveiling the epigenetic impact of vegan vs.omnivorous diets on aging:insights from the Twins Nutrition Study (TwiNS) "的研究论文。研究显示,仅2个月的纯素饮食,与生物学年龄降低有关,包括心脏、肝脏和代谢系统的生物学年龄均有所下降,并减轻了更多体重。在这项研究中,研究人员分析了21对双胞胎参与者,平均年龄为40岁,女性占77%,双胞胎中其中一位吃纯素饮食8周,另一位吃杂食饮食8周,包括每天食用170-225克肉,一个鸡蛋和一份半乳制品。饮食包括2个阶段,在研究的前4周,研究人员为参与者准备杂食和纯素饮食饭菜,在后4周,参与者在接受营养课程后,吃自己准备的饭菜。随后,研究人员在基线、第4周和第8周采集了每位参与者的血液样本,并测量了DNA甲基化水平,评估了饮食对DNA甲基化水平的影响,通过DNA甲基化水平推断出参与者的生物年龄,并计算出11个器官、系统的生物年龄。结果发现,在纯素食组中,参与者生物年龄显著降低,相比之下,杂食组的参与者则没有类似情况。研究人员表示,从某种程度上来说,纯素饮食几乎让参与者的年龄减少了1岁。纯素食组表观遗传年龄指标显著下降此外,对11个器官、系统的生物年龄分析发现,纯素食显著降低了5个器官、系统的生物年龄,包括炎症、心脏、激素、肝脏和代谢。纯素食显著降低了5个系统的生物年龄不仅如此,由于纯素食组每天摄入的能量比杂食组少约200卡路里,2个月干预结束后,纯素食组比杂食组平均减重多了2公斤。研究人员表示,目前尚不清楚不同饮食的参与者之间的差异在多大程度上可以归因于饮食结构,他们认为,体重减轻可能是造成两组人生物年龄差异的原因。还需要进一步研究饮食结构、体重和衰老之间的关系,以及纯素饮食的长期影响。研究人员强调,长期纯素饮食可能会导致缺乏足够的关键维生素和营养素,如维生素B12,长期纯素饮食可能会带来不利影响。总而言之,这项初步研究表明,与杂食饮食相比,短期纯素饮食或有利于抗衰老,可以降低整体生物学年龄的加速。然而,未来还需要进一步的研究来探索其长期的影响。论文链接:https://doi.org/10.1186/s12916-024-03513-w声明:本文仅做学术分享,不构成任何建议,且不作为医疗根据

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08/06

2024

2024年生物技术产业,这几个热门方向被广泛看好

导读2024年,生物技术产业又迎来一个全新的转折点。 过去几年,生物技术领域发生了翻天覆地的变化,具有开创性的几大技术领域重塑了医疗保健、药物研发等行业的面貌。而在新的一年里,大热门将会在哪几个领域出现? 近期,几位行业专家谈2024年将塑造生物技术领域的趋势,看看他们有哪些洞见。深究科学 | 编译01AI+生物医药AI已经彻底改变了生物技术行业的格局。过去一年,人工智能在生物制药领域的应用热潮涌现,主要用于药物、蛋白质发现以及老药新用等。事实上,2023年AI取得了不少成果,并在持续发挥影响。图源techcrunch国际制药工程学会(ISPE)会长兼首席执行官(CEO)托马斯·哈特曼(Thomas Hartman)强调,过去一年,没有任何行业为人工智能的飞速发展做好准备:“现在,随着AI疲劳初见端倪,各种流程中实施AI的竞争也减少了,公司将有更多的时间,正确评估自己的技术和资源。”Standigm全球战略高级副总裁(SVP)兼药物化学部门负责人金韩洙(Hanjo Kim)认为AI的下一个研究趋势将针对肥胖和长寿,他表示,“许多人认为肥胖是代谢性疾病中唯一剩下的需要征服的疾病。此外,关于线粒体的科学发现令人兴奋,因为它们显示与许多疾病和并发症有关。”此外,AI还大大节约了时间,提高了效率。Lantern Pharma的CEO潘纳·夏尔马(Panna Sharma)指出,针对特定疾病的AI发现和开发平台是下一步。“关键是前期数据准备,或者将这种原始信息转换为机器学习友好的格式,这些格式可以被强大的AI算法利用。这种准备可以让AI解锁数据中的见解,从而进行开创性的临床试验并加速药物开发”。2024年,AI在生物技术领域展现出更精确、多样化的趋势,因此许多公司应当停一停,审视人工智能技术和他们手中的数据,找到最有效的方式来利用这些资产。02RNA技术目前,RNA技术发展包括各种基于RNA的疗法:单链和双链RNA分子,如mRNA、miRNA、siRNA和反义RNA,每种分子都具有特定的机制和应用领域,如免疫治疗和疾病治疗。Aldevron公司首席科学官(CSO)文卡塔·施拉万·K·因杜尔提(Venkata Shravan K. Indurthi)预测,RNA技术将更加复杂和精湛,有望在HIV和各种癌症等领域有所应用。除此之外,他还推测,该行业将在基因编辑技术方面取得发展,“尽管基因编辑技术存在许多困难,但该行业在研究和最近批准的首款基因编辑药物方面仍取得了令人印象深刻的进展。这些发展也受到了越来越重要的合作伙伴关系的推动”。03CRISPR领域蓄势待发CRISPR技术为遗传性疾病的治疗带来了革命性的突破,目前正在临床试验中积极探索治疗镰状细胞病、β地中海贫血以及先天性黑蒙症(一种先天性失明症)等难题。这些试验已经取得了显著的成效,一些患者的病情得到了明显改善。同时,在癌症治疗领域,CRISPR技术也在探索通过基因工程改造免疫细胞,以更有效地对抗肿瘤。这无疑为生物技术领域的发展注入了强大的动力,预计将在2024年持续推动行业的进步。在CRISPR技术的开发中,重点在于为不同疾病创造特定的递送系统。这包括利用对环境有反应和能识别配体的纳米颗粒,以更精准地靶向病变组织。此外,利用免疫细胞或病变器官的外泌体和细胞膜,也能更有效地递送基因靶向药物,并避免免疫系统的清除。ERS Genomics公司的首席执行官埃里克·罗兹(Eric Rhodes)认为,该领域将在2024年继续保持增长势头。他表示,“CRISPR/Cas9技术将在2024年继续其非凡的增长轨迹,这得益于英国首个获批的临床应用,用于治疗镰状细胞病和输血依赖型β地中海贫血(TDT)。美国食品药品监督管理局(FDA)最近对TDT的Casgevy的批准进一步证明了该技术治愈以前无法治疗的疾病的巨大潜力”。此外,他还预测,“随着CRISPR逐渐成为主流医学技术,我们预计基于CRISPR的临床试验数量将大幅增加。更令人期待的是,看到这项技术如何超越医学领域”。 04生物打印和组织工程2024年,生物打印和组织工程预计将崛起为生物工程行业的核心趋势。生物打印与3D打印技术有异曲同工之妙,它运用由活性人类细胞构成的“生物墨水”来构建组织,最终目标是制造生物人工器官来缓解供体器官短缺的困境。尽管生物打印器官的实际应用尚未到来,但当前这项技术对于烧伤患者的支持已经展现出了巨大的潜力。研究人员已经研发出手持式生物打印工具,可直接将皮肤组织层沉积在伤口上,有望取代传统的皮肤移植方式,并加速愈合过程。生物打印技术的持续进步也在推动更大、更复杂的组织结构的工程化。研究团队正在探索创新的组装方法,力求突破以往的尺寸限制,制造出更多工程化器官。生物组织工程市场同样展现出强劲的增长势头,预计到2028年,其市场价值将达到89亿美元,复合年增长率(CAGR)高达15.3%。目前,北美占据最大的市场份额,但亚洲太平洋地区因对治疗慢性疾病的创新技术采纳度不断提升,预计将成为增长最为显著的地区。 05干细胞技术干细胞类型的多样性日益丰富,如间充质干细胞和诱导多能干细胞等,它们在研发工作中大放异彩,推动了市场的快速增长并拓展了干细胞在医学领域的应用范围。尤其在CRISPR基因编辑等领域的革新,进一步提升了干细胞的精准度、可扩展性和治疗潜力,为2024年癌症和心血管疾病等疾病治疗带来了广阔的前景。图源:News-Medical展望未来,干细胞技术和疗法的全球市场预计将以11.43%的复合年增长率(CAGR)从2024年持续增长至2030年。其中,再生医学领域备受瞩目,随着越来越多的干细胞疗法临床试验获得批准,其市场份额正不断攀升。然而,干细胞市场的竞争也日益激烈,导致优质干细胞产品的定价竞争变得尤为白热化。并购活动的频发也为干细胞市场的扩张注入了新的活力,显示了该行业的蓬勃生机和巨大潜力。尽管如此,该领域仍面临着一些挑战,如严格的研究和临床实践指南可能会增加额外的程序成本并延长研发周期。 值得一提的是,干细胞技术在药物测试、疾病模拟以及治疗神经退行性疾病(如帕金森病和阿尔茨海默病)等领域的应用也在逐步普及。这些技术在不同应用领域中所展现的潜力,凸显了干细胞在生物技术未来中可能发挥的举足轻重的作用。06靶向蛋白降解靶向蛋白降解技术正在迅猛增长,预计将在2024年延续其上升势头,成为生物技术领域中的瞩目焦点。这一增长受到多重因素推动,包括治疗方法中先进技术的普及、表位抑制剂技术的广泛应用,以及药物研发中对蛋白质降解策略的日益增长的需求。同时,市场对微生物感染诊断中免疫测定的需求持续增长,以及人们对蛋白质降解益处的认识提升,也进一步推动了市场的蓬勃发展。PhoreMost公司的首席执行官Neil Torbett认为,2024年将是TPD领域发生变革性进展的一年。继2023年披露的双价降解药物和临床试验数量的显著增加后,他预测今年投资者和制药公司对该领域的兴趣将进一步升温,因为先进的蛋白水解靶向嵌合体(PROTACs)即将进入3期临床试验阶段。“分子胶作为降解药物疗法的一种激动人心的新方法,为新的治疗领域带来了改进的药理学特性。尽管分子胶的合理设计在历史上一直颇具挑战性,但我们有理由相信,2024年该领域将实现突破。”他如是表示。 在地域分布上,北美地区是PROTAC市场的领军者,这主要得益于该地区丰富的研发活动。与此同时,随着政府支持力度的加大、医学研究的繁荣以及对优质医疗保健需求的不断增长,亚太地区的市场也在逐步扩大。PROTAC技术的主要参与者包括礼来公司(Eli Lilly and Company)、吉利德科学公司(Gilead Sciences)和默克公司(Merck)等知名企业。这个充满活力的市场以技术创新和广泛的应用领域为特色,预计将在2024年及以后成为生物技术行业的重点关注领域。参考资料 The trends that will shape the biotech industry in 2024.Labiotech.

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07/30

2024

年龄增长,肺癌患病风险下降?除了与特定基因有关,还与铁代谢紧密关联

导读我们通常认为癌症是一种与衰老挂钩的疾病,随着年龄的增加,患癌的风险也会有所增长。但事实上或许并没有这么简单,最新研究表明,老年人患肺癌的风险急剧下降,70岁至75岁后的老人,尤其是耄耋老人,癌症的发病率神秘下降。这是为什么?林 岩 | 编译01耄耋之年意想不到的“福利”癌症是一种可怕的疾病,人们对其谈之色变,患癌除了无尽的生理、精神痛苦外,还会将整个家庭的经济拖入到无尽深渊。在传统认知中,癌症常被视为衰老的副产品,一般认为癌症随着年龄的增加而风险加大,许多癌症的确诊高峰往往出现在人们的六七十岁。然而,令人费解的是,一旦跨过这个年龄段,许多癌症的发病率却神秘地下降。最近,佛罗里达州坦帕市H. Lee Moffitt癌症中心与研究所研究衰老与癌症的专家Ana Gomes指出,“这个现象我们观察了几十年,但一直未能找到合理的解释。”然而,近来科学家的最新研究或许能揭示其背后的原因。据两项针对小鼠的研究,步入耄耋之年的老年人或许能享受到一个意想不到的“福利”——患肺癌的风险显著降低。这些研究成果以预印本的形式发布在bioRxiv上,虽然尚未经过同行评审,但它们已经揭示了与癌症风险下降密切相关的特定基因,并意外地发现了这些基因与铁代谢之间的紧密联系。同时,新研究也揭示了衰老过程中组织结构的改变同样在影响着癌症的发生。以肺部为例,随着年龄的增长,肺部组织会逐渐积累疤痕,细胞再生能力减弱,对无序生长的抵抗力也随之下降。Gomes解释,“从结构和功能上来看,老年时期的身体环境与年轻时截然不同。这种变化可能不利于肿瘤的生长。”此外,新发现的与铁代谢相关的基因也可能在癌症风险的变化中扮演了重要角色。铁作为生命活动中不可或缺的元素,其代谢过程的异常往往与多种疾病相关联。02关键蛋白助力老年群体远离肺癌这一研究由斯坦福大学癌症生物学家Emily Shuldiner及其团队领衔,他们通过精心设计的实验,揭示了年龄与肺癌生长之间的微妙关系。为了深入了解衰老对肿瘤生长的影响, Shuldiner团队利用了一种特殊的实验小鼠模型,这些小鼠体内携带了一种可由基因开关控制的致癌突变。研究团队分别在年轻和年老小鼠的肺部激活了这些突变基因,结果令人惊讶:年轻小鼠的肿瘤不仅数量更多,而且体积也更大。这一发现挑战了我们对年龄与癌症风险之间关系的传统认知外,还提示我们衰老过程中可能存在某种机制在抑制肿瘤的生长。为了进一步探索这一机制,研究团队采用了CRISPR/Cas9基因编辑技术,在小鼠肿瘤中逐一评估了超过二十个具有抑制肿瘤生长功能的基因。他们发现,虽然关闭这些基因中的大多数都会加速各年龄段小鼠的肿瘤生长,但年轻小鼠的肿瘤数量更多、体积更大。这一结果暗示,在年老小鼠中可能存在一种不同的过程来抑制癌症的发展。与此同时,另一项由纽约市纪念斯隆-凯特琳癌症中心癌症生物学家Xueqian Zhuang领导的研究团队,则发现了衰老与铁代谢之间的紧密联系。他们发现,随着衰老,小鼠和人类肺细胞中会增加一种名为NUPR1的蛋白质的生产。这种蛋白质能够影响铁代谢,使得细胞表现出铁缺乏的状态,从而限制了其快速生长的能力——而这正是癌症的一个显著特征。为了进一步验证这一发现,Zhuang团队利用CRISPR/Cas9基因编辑技术在年老小鼠中失活了Nupr1基因。结果,这些小鼠肺部的铁水平上升,而它们患肿瘤的风险也随之增加,变得与年轻小鼠相似。这一实验结果不仅证实了NUPR1在抑制肿瘤生长中的重要作用,还为我们提供了干预这一过程的潜在靶点。更为引人注目的是,研究人员还在人类身上发现了类似的现象。他们发现,80岁以上人群肺组织中的NUPR1含量显著高于55岁以下人群,这表明小鼠实验中发现的机制在人类身上同样存在。这一发现不仅为我们理解肺癌的发病机制提供了新的视角,也为开发新型肺癌药物提供了重要线索。 03肺癌或许是个例外不过,研究人员认为人类与小鼠在肿瘤生成机制上可能存在重大差异。在人类身上,致癌突变往往是一个长期积累的过程,癌症的种子可能在数十年前就已悄然埋下,直至肿瘤被检测出来。而在小鼠模型中,肿瘤的生成则显得更为直接和迅速——通过在小鼠老年时突然激活致癌基因来实现。这种差异提醒我们,在将小鼠实验结果应用于人类癌症治疗时,必须保持谨慎和批判性思维。斯德哥尔摩卡罗林斯卡学院的肿瘤学家兼癌症流行病学家Cecilia Radkiewicz指出,肺癌的研究成果并不能简单地推广到其他类型的癌症上,“不同部位的癌症之间存在显著的生物学差异,它们由不同的生物驱动因素所主导。”事实上,每一种癌症都有其独特的病理机制和生物学特性,随着年龄增长而出现的发病率下降可能只是一种假象。肺癌或许仅仅是个例外。 参考资料Why cancer risk declines sharply in old agehttps://www.nature.com/articles/d41586-024-02107-z

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07/19

2024

减重15%-20%!新型GLP-1减肥药不仅效果更佳,还能抑制食欲

导读每个被肥胖困扰的人都想拥有健康的身材,但如何科学、有效、健康的减肥是一件令人苦恼的事。据预测,到2035年,全球超过一半的成年人将面临肥胖问题。因此,开发有效的肥胖治疗药物不仅能够帮助患者减轻体重,还能带来广泛的健康益处,如心血管保护和抗炎作用。最近,一项在《自然》杂志上发表的新研究为我们带来了惊喜,一种全新的“特洛伊疗法”(Trojan Therapeutics)策略和机制有望在以往的GLP-1/GIP类减肥药物上发挥双重作用机制,根据该研究所推出的候选药物OP-216药物,或为减肥药物的研发带来新的曙光。齐 萱 | 撰文01新研究让药物更精确地靶向目标细胞5月15日,一篇发表在《自然》杂志上的最新研究引发了广泛关注。这项研究展示了一种全新的药物候选物,它采用了“特洛伊疗法”(Trojan Therapeutics)的策略,将一个小分子巧妙地嵌入到一个模拟肠道激素的肽中。这种策略的目的是实现对控制食欲的脑细胞的双重打击,从而更有效地减轻体重。多伦多西奈山医院的内分泌学家Daniel Drucker对这项研究给予了高度评价,他表示,这种新策略通过将激素模拟物与其他药物融合,能进一步增强减肥效果,并且有可能降低副作用的风险。这是因为药物能够更精确地靶向目标细胞,从而减少对非目标细胞的影响。目前,市场上的畅销减肥药物,如司美格鲁肽(Wegovy)和替尔泊肽(Zepbound),是通过模拟肠道激素如GLP-1(胰高血糖素样肽-1)和GIP(葡萄糖依赖性促胰岛素多肽)来发挥作用的。这些药物通过与大脑中控制饥饿感的神经元受体结合,帮助人们减轻体重。然而,这项新研究提出的策略则更进一步,通过双重作用机制,实现更为显著的减肥效果。很显然,肥胖问题已成为全球性的健康挑战,不仅让个人形象大打折扣,穿衣选择范围受限,而且与一系列严重的健康问题息息相关,如心血管疾病、糖尿病、高血压等,影响人体健康的方方面面。 02创新药物策略助力减肥更便捷“特洛伊疗法”创新药物策略巧妙地将目标锁定在GLP-1受体和NMDA受体上,旨在通过双重作用机制实现减肥效果。其双重作用机制如下:药物通过模拟肠道激素来影响食欲;嵌入的小分子则能够同时影响其他与食欲相关的生理途径。 GLP-1受体是控制食欲的重要靶点,而NMDA受体则是大脑细胞中一种与肥胖有关的离子通道。这一发现可以追溯到2015年,当时科学家们发现NMDA受体与肥胖之间存在关联。然而,开发针对NMDA受体的药物一直面临着巨大的挑战,因为这类药物(包括派对药物和抗抑郁药凯他敏)往往伴随着严重的副作用。图片来自X.com 然而,哥本哈根大学的代谢专家Christoffer Clemmensen却看到了前进的道路。他提出,通过将一个NMDA受体阻滞剂与一个仅作用于调节食欲的神经元的肠道激素模拟物结合,或许可以绕过安全风险。这一策略的核心在于,通过模拟肠道激素来靶向食欲控制神经元,并同时利用NMDA受体阻滞剂来阻断该受体,从而实现双重作用。为了将这一策略付诸实践,Clemmensen及其团队将一种类似于GLP-1激素的肽与一种名为Dizocilpine(也称为MK-801)的小分子结合。Dizocilpine最初是由位于新泽西州拉威的制药公司默克的研究人员于上世纪80年代发现的,但随后被放弃。然而,Clemmensen和他的团队发现,在小鼠和大鼠中,这种结合了Dizocilpine的肽能够被大脑中喜好GLP-1的神经元吸收,并释放Dizocilpine来阻断NMDA受体。“这是一种非常创新的减肥优化方法。”科罗拉多大学奥罗拉分校的生理学家Darleen Sandoval表示。她进一步指出,“这项研究的重大意义在于,我们在治疗肥胖方面针对大脑目标的能力已经取得了多大的进步。”03OP-216药物正走向临床目前,Clemmensen与合作伙伴共同创立了一家公司——Ousia Pharma,致力于将一款名为OP-216的新药候选物推向临床试验。该药物不仅模仿了GLP-1激素的作用,还额外模拟了GIP激素,为减肥带来了更为惊喜的便捷性和安全性。OP-216的研发背景正是建立在当前肥胖药物成功的基础上。尽管现有的肥胖药物已经取得了一定的疗效,但它们的成功也为下一代治疗药物设定了更高的标准。哥本哈根大学的肥胖遗传学家Ruth Loos指出,尽管一些患者在使用现有药物后能够减轻体重,但并非所有人都能受益。此外,肠道激素模拟物需要持续服用才能产生效果,这也给治疗带来了不便。Loos教授并没有直接参与OP-216的研发,但她对这项创新表示了高度的期待。她认为,OP-216的研发成功将鼓励更多的科学家探索治疗肥胖的创新方法。当前,OP-216等新型肥胖药物正处于临床试验阶段,旨在验证其安全性和有效性。相信在不久的将来,这些药物为肥胖人员提供更多的服务和价值。参考资料 Experimental obesity drug packs double punch to reduce weighthttps://www.nature.com/articles/d41586-024-01433-6

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07/09

2024

重大科研突破!复旦大学樊嘉院士团队为癌症免疫治疗提供新思路

复旦大学附属中山医院樊嘉时至今日,癌症仍是人类健康的“头号杀手”,如何实施精准有效的治疗,特别是减轻患者痛苦、延长患者生命,已成为全人类共同关注的重大课题。免疫治疗是癌症治疗的新希望。近日,复旦大学附属中山医院樊嘉院士、高强教授团队在《科学》(Science)和《细胞》(Cell)杂志上分别发表两项重要研究成果,深入剖析了肿瘤免疫微环境的复杂性和功能多样性,突破了既往“以T细胞为核心的免疫治疗”研究模式,为肿瘤免疫治疗的临床和转化研究开辟了新的方向。5月3日,复旦大学附属中山医院樊嘉院士、高强教授团队,联合中国科学院上海免疫与感染研究所与浙江大学基础医学院等合作单位,在《科学》(Science)杂志在线发表了题为《人类癌症中肿瘤浸润 B 细胞蓝图》(A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers)的论文,系统性揭示了肿瘤微环境B细胞的表型功能异质性、动态分化以及表观调控机制。研究团队分析了肝癌、胆管癌、胆囊癌等多个癌种的临床样本数据发现,B细胞可以分为15个不同功能的亚群。其中,一类叫做DUSP4+非典型记忆B细胞的亚群引起了研究团队的注意。这类细胞通过滤泡外应答途径分化为浆细胞,能够分泌识别自身抗原的抗体,并抑制T细胞的功能,导致肿瘤微环境处于免疫抑制状态,不利于患者的预后和抗癌免疫治疗。这一发现为未来精准调控B细胞、鉴定新的免疫治疗靶点以及开发新的免疫联合治疗方案提供了重要线索。此外,该团队今年2月在《细胞》(Cell)杂志上发表的《中性粒细胞分析阐明抗肿瘤抗原呈递功效》(Neutrophil profiling illuminates anti-tumor antigen-presenting potency)论文中,进一步系统性揭示了中性粒细胞的抗肿瘤功能,探索了利用中性粒细胞的抗原提呈特征来增敏肿瘤免疫治疗的价值和临床意义。研究者同样利用来自肝癌、胆管癌、胆囊癌等多个癌种患者的样本来源的数据,发现一种特殊的中性粒细胞亚群(HLA-DR+CD74+),与患者的临床预后正相关,并能增强T细胞的抗原特异反应且促进形成有利于免疫治疗的"热肿瘤"微环境。研究团队还发现,饮食中富含的亮氨酸对中性粒细胞的抗原提呈功能有促进作用;富含亮氨酸的饮食或输注HLA-DR+CD74+亚群的中性粒细胞都能够增强PD-1单抗的肿瘤免疫治疗疗效。这提示我们未来可以通过饮食干预等方式来增强患者自身的抗肿瘤免疫力,提高免疫治疗疗效。这项研究为利用中性粒细胞抗原提呈来增敏免疫治疗提供了新的思路,有望推动肿瘤免疫治疗的进一步发展。当前,肿瘤治疗已进入多学科联合诊疗的“精准医疗”时代,以“PD-1/PD-L1单抗”为代表的免疫治疗作为一种新兴的肿瘤治疗方法已被广泛使用。免疫治疗是依靠患者自身免疫机能识别并杀灭癌细胞,不仅能提高患者的生存,而且避免了传统化疗、放疗的副作用,改善了患者的生活质量。然而,由于个体的差异性和治疗的局限性,免疫治疗并非只有PD-1/PD-L1一条路,需要个体化的新策略和联合治疗方案。中山医院肝肿瘤外科高强教授指出,B细胞是适应性免疫的关键组成部分,在体液免疫应答和抗体产生方面发挥着至关重要的作用,但由于相关研究不足,其在临床应用上的进一步拓展受到了限制。与此同时,中性粒细胞作为人体天然免疫的第一道防线,广泛参与人体免疫的各个重要环节。但鉴于其半衰期短且细胞脆弱,目前鲜有相关大规模系统研究,这使得中性粒细胞成为肿瘤免疫治疗中的争议焦点。此次研究的重要发现为不仅为肿瘤免疫治疗提供了新的理论支撑,更为提高免疫治疗的精准度和有效性、开发更有效的治疗方法提供了关键线索。注:本文来自中山医院。原文链接《科学》(Science)https://doi.org/10.1126/science.adj4857《细胞》(Cell)https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.02.005

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07/02

2024

浙江大学朱永群与合作者最新Nature论文:细菌放“毒”,绵里藏针

夏天到了,清洗空调是必要的一步,因为空调是许多种病原菌喜欢的藏匿点,嗜肺军团菌就是其中一种。最近,科学家在嗜肺军团菌体内发现了一种全新的细菌“毒素”——效应蛋白LnaB。它一方面主动清理宿主细胞内的有害分子,帮助宿主细胞维持正常生理过程;另一方面抑制宿主细胞对细菌的免疫防御反应,避免嗜肺军团菌被宿主细胞攻击。5月 22日,浙江大学生命科学研究院/动物科学学院朱永群课题组,生命科学学院周艳课题组和北京大学刘小云课题组联合在Nature上发表了这项发现,论文标题为Legionella effector LnaB is a phosphoryl-AMPylase that impairs phosphosignalling。“细菌用同一种效应蛋白来承担两个不同的角色和功能,这是很少见的,”朱永群说,“这种‘绵里藏针’的策略让细菌赢得了和宿主细胞短暂共存的时间,以利于其生存和繁殖。”图:LnaB工作机制的示意图。01神秘“武器”LnaB这项研究的一个关键名词是“蛋白质翻译后修饰”,这是生物领域的一个常用词,通常是指在细胞内蛋白质的侧链上被添加上或改变了一个小小的化学基团的过程。至今,人们已经发现了数百种蛋白质翻译后修饰方式,比如泛素化、乙酰化、甲基化等。如果说蛋白质是细胞内执行具体功能的“机器”,那么这些机器能发挥功能往往与它们拥有蛋白质翻译后修饰的种类密切相关。朱永群教授课题组长期从事病原菌和宿主相互作用机制的研究,探索新型蛋白翻译后修饰,是他们本次揭开细菌致病 “秘密武器”的切入点。嗜肺军团菌是导致人类军团病的致病菌,它会感染进入肺巨噬细胞,在宿主细胞内形成独特的膜泡结构从而生存和繁殖。2016年,全世界多个实验室先后发现了嗜肺军团菌能通过非典型泛素化过程促进嗜肺军团菌膜泡的成熟。“这个过程中有一个副产物——磷酸核糖化泛素分子,”朱永群说,“我们在2017年发现这个副产物对人细胞具有毒性。但是,嗜肺军团菌是一种入侵到人细胞内的细菌,在人细胞内大量繁殖”。课题组猜测,嗜肺军团菌可能存在特殊的效应蛋白,消除这个毒性泛素分子、或者对泛素进行其他类型修饰,才能有利于该菌与宿主细胞短期共存,以保证其生存和繁殖。通过一系列体外和体内筛选体系,课题组最终将目光锁定在效应蛋白LnaB。它是这项研究的主角,为科学家了解细菌致病机制打开了一个全新的视野。02既能“解毒”,也能“放毒”课题组发现,LnaB能帮宿主细胞“解毒”,这个过程是通过一种非常特殊的修饰过程实现的。朱永群介绍,LnaB是一个独特的腺苷酸化酶(AMPylase),它对具有细胞毒性的磷酸核糖化泛素进行单磷酸腺苷酸化修饰,生成ADP-核糖基化泛素,然后再由效应蛋白MavL水解成为无毒、天然的泛素分子。这个由LnaB和MavL催化形成的级联反应,实现了对嗜肺军团菌的非经典泛素化过程的逆转,从而保护了宿主细胞正常生理过程至关重要的经典泛素化通路。“我们发现的这类靶向磷酰基的腺苷酸化修饰,突破了腺苷酸化只发生在蛋白质氨基酸残基上的认知。”朱永群说。另一方面,LnaB还能抑制细胞的免疫反应,破坏宿主细胞的免疫力。朱永群指出,现在感染过程中,LnaB对宿主细胞内至关重要的Src家族激酶进行蛋白质修饰,产生一个全新的“二磷酸腺苷酸化修饰(ADPylation)”,突破了蛋白质上磷酸基团是终端化的、在细胞内不可以被进一步共价修饰的概念。激酶是一类具有重要生物学功能的信号转导分子。被LnaB作用后的Src家族激酶丧失了活性,不能开启下游磷酸化信号转导,从而抑制了宿主的免疫信号通路。“LnaB也是迄今为止唯一鉴定出的可以直接修饰Src家族激酶活化环上磷酸化酪氨酸残基的细菌毒力因子。”周艳说。一边“解毒”,一边“放毒”,同一个效应蛋白完成两个角色,这种“绵里藏针”的致病策略让研究团队感到惊讶。通过同源搜索,他们鉴定出了162个LnaB同源蛋白,它们广泛分布于20多个不同菌属中,说明这类策略可能普遍存在于病原菌于宿主互作中。图:LnaB家族磷酸腺苷酸化酶广泛分布于20多种病原菌属中、并具有独特催化基序和结构特征这项研究不但增加了我们对于细菌致病机制的理解,为我们应对疾病挑战提供了新的启示。朱永群认为,由于Src家族激酶在人类多种疾病中发挥重要作用,对LnaB的独特活性进行开发,对相关疾病治疗具有潜在的应用价值。进一步研究LnaB家族效应蛋白的功能,也为病原菌效应蛋白研究开辟了新方向。博士研究生王婷、硕士生宋晓楠和博士后谭加兴为本文的共同第一作者,朱永群教授、周艳研究员和刘小云研究员为本文共同通讯作者,参与研究的还有博士生冼伟、周星彤、虞铭汝、王小飞、徐艳、吴婷、苑轲轲、冉宇和杨兵教授、范高峰教授。该研究获得了国家基金委、科技部重点研发专项、中组部青年拔尖人才等资助。 原文连接https://www.nature.com/articles/s41586-024-07573-z注:本文来自浙江大学学术委员会。

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06/27

2024

三位异种器官接受者最终死亡,猪器官还适合移植人体吗?

导读随着人口老龄化,等待器官移植的患者名单越来越长,科学家开始探索一种前所未有的解决方案——异种移植。近日,器官移植领域迎来一个不大好的消息,世界首位猪肾移植患者去世,于手术近两个月后死亡。此前两次猪心脏移植手术患者也在手术后不久生命走向终点。这似乎意味着猪器官移植“并没有从灵长类研究中预测到的那么大的成功”。林 岩 | 编译01猪器官移植困难重重,但“不是一个无法解决的问题”上周,首位接受猪肾移植的活人离世,距离他接受移植手术不到两个月的时间——这比他的医生预期的要早。但这一时间点与之前接受猪心脏移植的两位患者的情况相吻合,他们也在移植后大约两个月内离世。纽约大学(NYU)的移植外科医生罗伯特·蒙哥马利表示,这三位受体的相对较短的存活时间表明,这些开创性的跨物种移植“并没有从灵长类研究中预测到的那么大的成功”。猪肾移植患者理查德·斯雷曼( Richard Slayman )和他的伴侣以及医生坐在一起但这三例手术为那些绝望中已无其他选择的重病患者带来了希望。研究人员表示,从首次将猪器官移植到人类身上,他们在多个方面获得了宝贵的经验,包括:尽管猪和人类的器官在结构和功能上有许多相似之处,但它们在免疫反应方面存在显著差异。这意味着受体在接受猪器官后,需要接受大量的免疫抑制药物来防止排异反应。然而,这些药物可能带来一系列副作用,如感染、癌症等。因此,科学家需要寻找更精确、更有效的免疫抑制方法。 猪器官在移植前必须经过严格的测试和筛选。这包括检查器官是否携带可能引发人类疾病的病毒、细菌或其他病原体。此外,科学家还需要评估器官的功能状态、存活能力以及与受体之间的兼容性。这些测试不仅耗时耗力,而且成本高昂。因此,降低测试成本和提高测试效率成为当前研究的重点之一。异种移植的成功不仅仅取决于手术和药物治疗,还需要跨学科的合作和创新。如基因编辑技术帮助科学家们修改猪的基因,使其器官更适合人类受体。同时,免疫学、微生物学、病理学等领域的专家也需要共同努力,以应对异种移植带来的各种挑战。尽管目前异种移植还面临许多挑战和困难,但“这不是一个无法解决的问题,”纽约大学移植外科医生Robert Montgomery表示,“我对我们目前取得的进展感到鼓舞。”02异种移植为生命带来了新的可能每年有成千上万的人因为等不到合适的人类器官而失去生命。异种移植,即利用其他物种的器官为人类进行移植,早已成为外科医生梦寐以求的解决方案。在众多可能的供体物种中,研究人员将目光投向了猪,这不仅因为猪的器官大小、解剖结构与人类相近,更因为猪作为家畜,其繁殖速度快、数量众多,能够提供源源不断的器官来源。在进行猪器官移植人体前,科学家在非人类灵长类动物身上已做大量试验,数据令人振奋。一项发表于2023年的研究报告显示,五只猴子在接受移植的猪肾后,均存活超过了一年。这一突破性的进展为异种移植在人类身上的应用提供了强有力的支持。2022年,人类历史上首次异种移植手术成功实施。57岁的戴维·贝内特成为了第一个接受猪心脏移植的活人,并在手术后存活了60天。随后,2023年劳伦斯·福塞特也接受了猪心脏移植,并存活了40天。此次,全球首例猪肾移植患者也活了近2个月。 尽管还存在诸多有待解决的问题,但相信异种移植将成为解决人类器官短缺问题的关键。03异种移植所面临的伦理问题目前,所有针对活人的异种移植手术都获得了美国食品药品监督管理局(FDA)的“同情使用”批准,这一批准仅在患者生命垂危且没有其他治疗手段可用的情况下才会授予。然而,这些在特殊情况下接受治疗的患者,其健康状况往往远差于等待移植名单上的普通人,这使得判断不利结果是否由手术本身还是患者原本的健康状况所导致变得异常困难。“正是这种不确定性,使得一些研究人员呼吁FDA关注这种试验。通过系统的评估,不仅可以更准确地判断异种移植的效果,还能为未来的治疗提供更为坚实的科学依据。”马里兰大学医学院的外科医生Mohiuddin博士表示,他是给第一位接受猪心脏移植患者贝内特做手术的医生。目前,研究人员并没有停止探索的步伐。他们正在尝试在移植前采取各种措施来最大限度地防止器官排斥。当然在解决技术难题的同时,也要确保这一技术始终在伦理和科学的双重轨道上稳步前行。此次事件意味着猪器官移植并非终点,而是重新进入了新的起点,未来或许能拯救更多的生命。参考资料 Pig-organ transplants: what three human recipients have taught scientistshttps://www.nature.com/articles/d41586-024-01453-2

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2024

三位异种器官接受者最终死亡,猪器官还适合移植人体吗?

导读随着人口老龄化,等待器官移植的患者名单越来越长,科学家开始探索一种前所未有的解决方案——异种移植。近日,器官移植领域迎来一个不大好的消息,世界首位猪肾移植患者去世,于手术近两个月后死亡。此前两次猪心脏移植手术患者也在手术后不久生命走向终点。这似乎意味着猪器官移植“并没有从灵长类研究中预测到的那么大的成功”。林 岩 | 编译01猪器官移植困难重重,但“不是一个无法解决的问题”上周,首位接受猪肾移植的活人离世,距离他接受移植手术不到两个月的时间——这比他的医生预期的要早。但这一时间点与之前接受猪心脏移植的两位患者的情况相吻合,他们也在移植后大约两个月内离世。纽约大学(NYU)的移植外科医生罗伯特·蒙哥马利表示,这三位受体的相对较短的存活时间表明,这些开创性的跨物种移植“并没有从灵长类研究中预测到的那么大的成功”。猪肾移植患者理查德·斯雷曼( Richard Slayman )和他的伴侣以及医生坐在一起但这三例手术为那些绝望中已无其他选择的重病患者带来了希望。研究人员表示,从首次将猪器官移植到人类身上,他们在多个方面获得了宝贵的经验,包括:尽管猪和人类的器官在结构和功能上有许多相似之处,但它们在免疫反应方面存在显著差异。这意味着受体在接受猪器官后,需要接受大量的免疫抑制药物来防止排异反应。然而,这些药物可能带来一系列副作用,如感染、癌症等。因此,科学家需要寻找更精确、更有效的免疫抑制方法。 猪器官在移植前必须经过严格的测试和筛选。这包括检查器官是否携带可能引发人类疾病的病毒、细菌或其他病原体。此外,科学家还需要评估器官的功能状态、存活能力以及与受体之间的兼容性。这些测试不仅耗时耗力,而且成本高昂。因此,降低测试成本和提高测试效率成为当前研究的重点之一。异种移植的成功不仅仅取决于手术和药物治疗,还需要跨学科的合作和创新。如基因编辑技术帮助科学家们修改猪的基因,使其器官更适合人类受体。同时,免疫学、微生物学、病理学等领域的专家也需要共同努力,以应对异种移植带来的各种挑战。尽管目前异种移植还面临许多挑战和困难,但“这不是一个无法解决的问题,”纽约大学移植外科医生Robert Montgomery表示,“我对我们目前取得的进展感到鼓舞。”02异种移植为生命带来了新的可能每年有成千上万的人因为等不到合适的人类器官而失去生命。异种移植,即利用其他物种的器官为人类进行移植,早已成为外科医生梦寐以求的解决方案。在众多可能的供体物种中,研究人员将目光投向了猪,这不仅因为猪的器官大小、解剖结构与人类相近,更因为猪作为家畜,其繁殖速度快、数量众多,能够提供源源不断的器官来源。在进行猪器官移植人体前,科学家在非人类灵长类动物身上已做大量试验,数据令人振奋。一项发表于2023年的研究报告显示,五只猴子在接受移植的猪肾后,均存活超过了一年。这一突破性的进展为异种移植在人类身上的应用提供了强有力的支持。2022年,人类历史上首次异种移植手术成功实施。57岁的戴维·贝内特成为了第一个接受猪心脏移植的活人,并在手术后存活了60天。随后,2023年劳伦斯·福塞特也接受了猪心脏移植,并存活了40天。此次,全球首例猪肾移植患者也活了近2个月。 尽管还存在诸多有待解决的问题,但相信异种移植将成为解决人类器官短缺问题的关键。03异种移植所面临的伦理问题目前,所有针对活人的异种移植手术都获得了美国食品药品监督管理局(FDA)的“同情使用”批准,这一批准仅在患者生命垂危且没有其他治疗手段可用的情况下才会授予。然而,这些在特殊情况下接受治疗的患者,其健康状况往往远差于等待移植名单上的普通人,这使得判断不利结果是否由手术本身还是患者原本的健康状况所导致变得异常困难。“正是这种不确定性,使得一些研究人员呼吁FDA关注这种试验。通过系统的评估,不仅可以更准确地判断异种移植的效果,还能为未来的治疗提供更为坚实的科学依据。”马里兰大学医学院的外科医生Mohiuddin博士表示,他是给第一位接受猪心脏移植患者贝内特做手术的医生。目前,研究人员并没有停止探索的步伐。他们正在尝试在移植前采取各种措施来最大限度地防止器官排斥。当然在解决技术难题的同时,也要确保这一技术始终在伦理和科学的双重轨道上稳步前行。此次事件意味着猪器官移植并非终点,而是重新进入了新的起点,未来或许能拯救更多的生命。参考资料 Pig-organ transplants: what three human recipients have taught scientistshttps://www.nature.com/articles/d41586-024-01453-2

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05/31

2024

“AI教母”李飞飞:她看见的世界和她改变的世界

导读李飞飞是人工智能领域最重要的科学家之一。她最重要的贡献,是创建了数据库ImageNet,有人工智能领域的从业者评论,“没有ImageNet,就没有现在的深度学习革命”,李飞飞也因此被誉为AI教母。她以女性细腻的笔调, 讲述她作为女儿、科学家、移民和人道主义中眼中的世界,讲述了一个亚裔移民成长为美国三院院士、斯坦福大学终身教授的故事。以下是她新出版的的新书《我看见的世界:李飞飞自传》(中文版已上市,由中信出版集团出版)的摘编,回顾了在AI寒冬的年代,她是怎样在一片反对声中找到她的北极星,创建人工智能领域早期最重要的数据库ImageNet的过程。华裔科学家李飞飞李飞飞 | 撰文01 “我听到的劝阻之声多得够我用一辈子”每当我与同事们讨论ImageNet的想法,我就越发感到孤独。虽然有西尔维奥(注:李飞飞的丈夫)的鼓励,但这么庞大的工程刚刚起步,就遭到了几乎所有人的一致反对,真是不祥之兆。我需要一群志同道合的伙伴,但现在似乎一个队友都找不到。最糟糕的是,不管我是否同意,我都无法否认他们批评的合理性。毫无疑问,在2006年,算法是计算机视觉的中心,而数据这个话题并不十分吸引人。数据生活在算法的阴影之下,仅仅被视为训练工具,就像成长中的孩子玩的玩具一样。我听到的劝阻之声已经多得够我用一辈子了(可能下辈子也够了),最后我终于遇到了第一位支持者。李凯教授是微处理器架构领域的领军人物。微处理器架构是一门将数百万纳米级晶体管排列到世界上最复杂的设备中的艺术,因此他比大多数人都更了解指数思维的力量。他相信我的方向是正确的。尽管我们都在计算机科学领域,但领域之间没有太多交集,所以他无法直接为我做出贡献,但他知道我们需要强大的计算能力才能启动。他毫不犹豫地为我们的研究捐赠了一套工作站。这正是我所需要的支持。不巧的是,他即将休长假,这缩短了我作为他的年轻同事的时间。不过,他的离开也不完全是坏事。他有一个极聪明的一年级研究生叫邓嘉,他要给邓嘉找个新导师。据李凯介绍,邓嘉是一个完美的合作者,他年轻有为,工程天赋出众,对新的挑战充满渴望。除了聪颖过人,我也注意到,邓嘉是计算机视觉领域的新人。他的背景与众不同,因此他不仅具备一般计算机视觉专业学生难以拥有的工程技能,同时还完全没有背负期望的包袱。这个项目不同于传统的研究项目,甚至可以说充满风险,与当时的领域潮流格格不入。对于这一切,邓嘉并不知情。于是,我们两人组成团队,开启了这个似乎需要成千上万甚至更多贡献者的项目。大多数同事对我的假设都不屑一顾。单从理论上讲,这一切确实说不通,但这是我人生中第一次感受到一种毋庸置疑的自信。无论需要多长时间,我确信我们正在做一件大事,一件也许具有历史意义的大事。我的新办公室位于普林斯顿大学的计算机科学大楼,虽然已经搬过来快四个月了,但地上依然堆满了半开的纸箱,墙壁上也空空如也。我靠在扶手椅背上,大声呼出一口气,转了转椅子。邓嘉坐在我对面的沙发上——这是我到目前为止为办公室添置的唯一家具。于是我们确定了一个目标,为每个物品类别搜集1000张不同的照片:1000张不同的小提琴照片、1000张不同的德国牧羊犬照片、1000张不同的抱枕照片,直到涵盖全部2.2万个类别,也就是一共需要大约2000万张图片。但即便是这个数字,也只是最终成品数据库的情况。我们可能需要从数亿张照片,甚至10亿张照片中筛选,才能达到目标。邓嘉面露疑色,“我从理论上能理解,但这个工作量也太大了,属于天文数字,可不是谷歌搜索几次就能完成的。”他说的当然没错,但是我们需要拥抱现实,而不是逃避现实。我们的目标是捕捉完整的现实世界。如果这个总数不能吓到我们,那才奇怪呢。“邓嘉,我们希望算法能够看到的一切事物都存在于这个世界的某个地方。在我们说话的这一刻,就有人在拍摄这所有的细节。现在人人都有翻盖手机,每个人的圣诞节礼物都是数码相机。想象一下,如果把所有这些照片都放在一起,我们会看到什么,我们会看到整个世界的缩影啊!那就是从世界一头到另一头的日常生活的全部。”“就算我们想办法组织好了图片,”他补充说,“这些图像本身也没有任何作用,对吧?它们需要先标注,才能用于模型训练,而且每一个标签都必须是准确的。”邓嘉暂停了一下,好像才感受到自己说的话有多么重要,“听上去又是一个浩大的工程。”“是啊,是啊。”我回答说,“让我们一次只创造一个奇迹吧。”02“完工时间大概是19年,我不能等那么久才拿到博士学位”我和邓嘉在实验室一角,看着一排本科生不断地点击鼠标、敲击键盘。本周早些时候,我们发出了邮件,招募愿意帮忙从网上下载和标注图片的本科生,工作时间灵活,每小时10美元。我们很快就收到了一些回复。这看起来很公平:我们朝着机器智能的新时代迈进了一步,而大学生也能赚到一些啤酒钱。一时间,我们感到心满意足,但没过多久,现实就给我上了一课。“邓嘉,是我的错觉吗,还是进展确实有点儿太慢了?”“对,我也很担心。我对他们的速度做了几分钟计时,计算了一下。”不妙。“按照目前的速度,预计ImageNet的完工时间是……”我用力咽了一下口水。他注意到了。“没错,差不多要19年吧。飞飞,我很看好这个项目,真的,只是我不能等那么久才拿到博士学位。”“那我们该怎么办呢?”他问,“再多找些本科生?”“这当然是一种选择,但是得花不少钱。如果真要19年的话,我觉得我们实验室的预算也是不够用的。”不管怎样,显然我们需要更多的大学生。当年做Caltech101的时候,招募的大学生勉强够用,而那次的工作量不过是ImageNet的零头。看来,我们必须采取新的策略了。做ImageNet已有一年时间,我感觉我们已经步入正轨。有了标注团队的工作,还有邓嘉在不断努力优化标注流程,我确信我们已经有所突破。我很好奇进展如何,而邓嘉知道我的想法(他经常能知道我在想什么)。“你在想我们多久能完成ImageNet?我已经重新预估时间了。”我正准备问他这个问题。于是我兴奋地跑到他的办公桌前。“好的,如果我们把所有因素都考虑在内:我们所有的优化和快捷方式,再加上已经标注的图片,我们已经设法将19年的预计时间缩短到……”我突然失去了勇气,因为我预感结果会很糟糕。“……大约18年。”邓嘉虽然才华横溢,但巧妙地传达坏消息、减轻它对人的打击并不是他的技能之一。这么久以来,我第一次不知道接下来该怎么办了。“飞飞,你现在有自己的实验室了,最近在忙什么呢?”这是我最害怕听到的问题,但这个问题来自吉滕德拉——彼得罗的导师,也是我的“师爷”,他是我此行最想遇到的人。我们已经好几年没有面对面交流了,我知道他会出席计算机视觉与模式识别大会这样的活动。ImageNet项目停滞不前,我的学术生涯前途渺茫,我需要见见熟人。他也不是第一次在这种场合鼓舞我的斗志了。“说实话,吉滕德拉,这个话题有点儿让人郁闷。”“哎呀。”我把一切都如实告诉了他:我和克里斯蒂安的谈话,第一次见到WordNet时的情景,我和邓嘉所做的决定——每个决定都比上一个更艰难,以及这一年来我们为实现一个不可能实现的目标所经历的苦苦挣扎。“还真曲折呀。”他回答道,语气一反常态地平淡。如果他对我目前介绍的进展情况有什么意见的话,他会选择闭口不谈。“是的。最糟糕的是,这一切归根结底是个后勤问题,而不是科学问题。我始终确信,ImageNet正是计算机视觉所需要的,要是我们能把这玩意儿搞出来就好了。”“飞飞……”他开始小心翼翼地组织语言,“当然,没有人会不认同数据起着一定的作用,但是……”他停顿了片刻,然后继续说道,“坦率地说,我觉得你们在这个想法上投入得过多了。”我浅浅地吸了一口气。“科学的诀窍是跟随着你的领域一起成长。不要太超前。”这真是出乎我的意料。吉滕德拉竟然站在反对者的一边,让我深受打击。这种打击不仅仅是在个人层面:等到我将来需要请人写终身教职推荐信的时候,我原本计划请他做我的推荐人之一(虽然在这样巨大失败的阴影笼罩下,能获得终身教职的可能性已经变得非常渺茫)。出于多方面的原因,他的观点很重要。我几乎可以看到我的北极星在逐渐暗淡下来,我的道路又陷入了黑暗之中。一个可怕的想法开始在我心头升起:我承担的风险比我意识到的更大,而现在回头已经为时太晚。在计算机视觉与模式识别大会之后的几个月里,我都不知道应该如何处理ImageNet。要担心的事情有很多,但我总会想起邓嘉。他进入计算机视觉领域时才气过人却又稚气未脱,他信任我,让我担任他的导师。现在,我能感觉到他的挫败感越来越强,我知道他在担心自己的博士之路,我完全能理解他。我还记得自己在研究生时期的种种挣扎,一想到现在要把自己的学生引入歧途了,我的胃里就阵阵难受。当然,科学研究上的挫败也同样令人痛苦。在经历了如此漫长的旅程之后,我无法接受我的直觉居然导致了错误的道路。我们突然失去了方向,仿佛头顶上是一片空荡荡的天空,在黑色波浪中漂泊。03没有哪个个体的智慧能有意外之力的一半强大然而,一切都还没有结束。“打扰一下,飞飞。”我正在赶去教职工会议的路上,马上就要迟到了,一个叫孙民的研究生突然出现在我面前。他能看出我在赶时间,但他看上去非常想要跟我聊聊,说话的时候甚至显得有些不安。“请问你现在有空吗?”他没等我回答。我对他比较了解,知道他说话时一般都是轻声细语的。看他今天的表现,显然是有大事压在心头。“昨天我跟邓嘉在一起,”他继续说,“他跟我说了你们在项目标注问题上遇到的麻烦。我有一个你俩还没试过的办法,真的可以帮你们提高速度。”我立刻忘记了自己还在赶时间,耳朵竖了起来。邓嘉还有社交生活?孙民问道:“你听说过众包吗?”他解释说,在线平台可以将任务分配和结果收集过程自动化,有效组织远程的临时工作团队,规模小到个人,大到数百万人的团队。“如果你感兴趣的话,亚马逊就在提供这种服务,叫作’土耳其机器人’。”“请求者”可以发布“人类智能任务”,由贡献者完成,这些贡献者被称为“土耳其人”(Turker),他们可能来自世界上的任何地方。从理论上讲,这个模式很合理,似乎可以提供我们想要的一切:既有人工标注图片带来的智慧成分,又有与自动化相当的速度与规模。有趣的是,亚马逊称之为“人工人工智能”,这个名字相当贴切。我急匆匆地穿过走廊找到了邓嘉,但他并没有像我这般兴奋。在经历了种种挫折之后,他有充分的理由对再次碰运气保持警惕。但在经历了这一切之后,他可以看到,这真的可能是我们一直在等待的救命稻草。他看起来既犹豫又宽慰。最终他同意了:亚马逊土耳其机器人值得我们再试一次。ImageNet之所以能够存在,要归功于互联网、数码相机和搜索引擎等众多技术的融合。现在,一个一年前还几乎不存在的平台提供的众包服务,成为让我们的项目臻于圆满的关键因素。这件事就是最好的例证,它让我深刻了解到,任何一个科学家的默认立场都应该是绝对谦卑,他们应该明白,没有哪个个体的智慧能有意外之力的一半强大。亚马逊土耳其机器人改变了一切。它把我们起初的大学生标注员队伍变成了一个由数十人、数百人、数千人组成的国际团队。随着我们获得的支持不断扩大,邓嘉给出的预计完成时间急剧缩短,先是15年,然后是10年、5年、2年,最后不到1年。这为我们提供了全新的视角来看待预算,彻底颠覆了ImageNet的成本效益。曾几何时,我们的预算只能招到几个标注员,连一个房间都站不满,而现在足以聘请一支遍布全球并通过互联网连接的众包团队。就这样,每天都有成千上万张新图像被标注出来。在ImageNet发展的高峰期,我们是土耳其机器人平台上最大的雇主之一,这一点从我们每月的服务账单上也能看出。成本的确很高,但效果也很显著。然而,我们的预算困境还没有结束。虽然土耳其机器人价格合理,但ImageNet规模实在太大,所以我们很快发现自己再一次接近预算极限。在两年多的时间里,我们的财务状况一直岌岌可危,那是一段痛苦的日子,哪怕是路途中的一个小颠簸,都有可能让我们人仰马翻、一蹶不振,但ImageNet日臻完善,终于成为我和邓嘉一直憧憬的研究工具。我们实验室自然是第一个将其投入使用的。即使是在未完成的状态下,它的影响力也让我们备受鼓舞。完工在即,我们不再需要依靠想象力;大家第一次清楚地意识到,我们正在创造一个值得与全世界分享的东西。在2009年,我决定再次前往西部,邓嘉和我的大多数学生也跟随我转学。斯坦福大学成了我们新的学术家园。2009年6月,ImageNet的初始版本终于完成了,这在很大程度上得益于斯坦福大学提供的新研究资金。尽管我们一路上遇到了许多挑战,但我们最终成功达成了目标:收集了1500万张图片,涵盖了2.2万个不同类别。这些图片筛选自近10亿张候选图片,并由来自167个国家的4.8万多名全球贡献者进行了标注。ImageNet不仅在规模和多样性上达到了我们多年来梦寐以求的水平,还保持了一致的精确度:每张图片都经过了手工标注,并在层次结构中进行了组织,经过了三重验证。从数量上看,我们已经实现了既定目标,建立起了当时人工智能史上最大的人工编辑数据集。但在这些数字之外,最让我感动的成就是我们所构建的真实世界本体。这个本体是人类从零开始策划的,既包含视觉图像,又能传达逻辑概念,其唯一的目的就是教导机器。我们实验室所做的每一件事都充满了活力。有一次,我们利用ImageNet快速训练了数百个图像分类算法的实例,让它们识别一组日常事物,然后将所有实例应用在一张照片上。实验目的并不是简单地检测单个物体的存在,而是通过寻找物体组合来诠释整个场景。例如,如果检测算法发现了一个人、一艘船、一只桨和一片水域,它就会将照片作为一个整体归类为“划船”。这是一种更深层次的理解,可以说接近于原始的视觉推理。就像我们那个时代的许多实验一样,我们使用的算法准确性很不稳定,还有很大的改善空间。毕竟,就连简单的图像识别也仍处于起步阶段。但困难只会进一步激发我们的冒险精神。我们的研究大胆且具有前瞻性,虽然并不完备,但能引发思考,其中很多在概念上也很简单。但直到ImageNet出现,一切才变得切实可行起来。与此同时,邓嘉也开始在学术领域崭露头角。在ImageNet发布后一年左右,他发表了题为《对超过10000个图像进行分类能告诉我们什么》的论文,总结了ImageNet出现后图像识别领域发生的根本性变化。尽管论文技术性很强,但其中所蕴含的哲学思想使它有别于一般的学术论文。这篇论文宛如一个预言,甚至触及了存在的本质。邓嘉认为,ImageNet不仅代表了规模的扩大,还代表了分类逻辑的转变,类似于物理学领域的“相变”,在这种转变中,甚至现象的最基本属性也会发生变化。ImageNet极大地拓宽了算法面临的可能性,但因为规模太大,也给算法造成了挑战(相比而言,小型数据集就不会有这个问题)。“你知道我最喜欢Caltech101哪一点吗?”亚历克斯的话把我拉回了现实,“除了里面的训练数据,它还让我有机会用完全相同的图像,把我的研究结果和你的进行比较,做同类对比。”“相当于一个基准。”我回答道。“没错,这样就很容易衡量进展。还有什么比这更能激励研究人员呢?就像是发起了一个挑战,就像打赌一样。”就像打赌一样,我喜欢这个说法。“那么……如果我们用ImageNet做同样的事呢?”我问道,边思考边说,“或者,干脆我们就用ImageNet搞一个完整的竞赛怎么样?”“你是说像PASCAL那样的吗?”PASCAL视觉对象类别数据集(通常称为PASCALVOC)是一个欧洲研究团队汇编的数据集,包含大约1万张图片,分为20个类别。PASCALVOC与Caltech101类似,但有一个重要区别:PASCALVOC是年度计算机视觉大赛的基础数据集。该大赛始于2005年,每年都有来自世界各地的参赛者提交经过PASCALVOC训练的算法,然后用这些算法去识别一组以前没有见过的新图片,最后根据分类的准确度对算法进行排名,错误率最低的即为获胜算法。比赛既具有协作性,又具有竞争性,吸引了各方对计算机视觉领域最新进展的关注。而参赛者所使用的数据集仅有ImageNet的千分之一大小。“那就有意思了。”亚历克斯回答道,“我都可以想象研究人员在互相交流新想法的时候问:‘它在ImageNet上的表现怎么样?’”这样一来,ImageNet也成了计算机视觉领域的北极星了,我想。如果邓嘉论文的核心思想是正确的,如果ImageNet真的会引起一场大洗牌,带来新的规则、新的直觉,甚至全新的范式,那么还有什么比通过比赛来探索这个数据集更好的方式呢?激烈的竞争压力可以激发合作的集体力量。比赛要遵循一定的规则,但又要有探索性。即使经过多年的努力创建了ImageNet,仅仅是想像着把它做成比赛,也为它注入了新的生机。这也意味着将ImageNet推向世界的工作尚未结束。04黎明前的黑暗一回到美国,我就开始了比赛的筹备工作。比赛的正式名称为“ImageNet大型视觉识别挑战赛”(ImageNet Large Scale Visual Recognition Challenge,ILSVRC),对所有人开放,获胜者会即刻获得认可。首届比赛将于2010年举行,5月开放报名,9月统计结果,同年晚些时候,会在克里特岛举行的欧洲计算机视觉大会(European Conference on Computer Vision,ECCV)研讨会上公布获胜者。然而,现实却与我们的期望背道而驰。获胜算法来自一个由NEC实验室、罗格斯大学和伊利诺伊大学的研究人员组成的联合团队。这个参赛算法的表现确实可圈可点,我们对每位参赛者的努力表示赞赏。不过,与计算机视觉领域其他方面的前沿工作相比,这些算法只能算略有改进,很难说开启了新的时代。在ImageNet的发展历程中,有很多令人泄气的时刻,这次就是其中之一。如果说2010年的比赛虎头蛇尾的话,那么2011年的比赛则给人一种末日之感。2011年的获胜算法来自法国施乐研究中心,也是一种支持向量机算法,识别表现虽然比前一年有所提高,但也只是将准确率提高了2个百分点左右。我开始意识到自己可能误判了。正如我猜测的那样,大多数算法都难以应对ImageNet,但支持向量机比我想象的要强大,它为参赛者提供了安全的避风港,阻碍了我梦寐以求的激进创新。连续两年,司空见惯的算法都只是在能力上略有提升,几乎没有任何真正的进步。最糟糕的是,参赛人数也出现急剧下降:第二年的报名人数从150人减少到96人,参赛算法也从35个减少到15个。愿意为此付出努力的人似乎越来越少,也许这并不奇怪。说这种经历“让人羞愧”已经远远不足以描述我们的心情了。为了推动ImageNet的发展,我们倾注了多年的心血,搜集的图片数量远远超过以往的任何数据集,还精心策划了一场国际竞赛来探索它的能力,但结果却只是简单地重复了现状。如果说ImageNet是一场赌注,是时候开始思考我们是不是已经输了。2012年8月,让我夜不能寐的事情终于不再是ImageNet了——我们的孩子出生了,我的生活主题变成了哺乳、换尿布和永远不够的断断续续的睡眠。这一年,ImageNet挑战赛的结果将在意大利佛罗伦萨宣布,因为孩子的原因,我本不打算亲自去参加,但有一天,邓嘉深夜打来电话。这个时间点很不寻常,我的第一反应是出了什么事。“喂?”听得出他很激动,但感觉不像是痛苦,而更像是兴奋,准确地说,是迷茫而兴奋。因为邓嘉一向淡定,所以他的语气让我格外留意。“是这样的……我们一直在评估今年的参赛作品,其中的一个算法是……我的意思是……”他迟疑了一下。05正名时刻“怎么了?是什么?”我问道。“好吧。获胜的团队使用了非正统的算法,是一种神经网络算法。你敢相信吗?”我的耳朵竖得更直了。如果说刚才我的注意力还没有完全集中在他的身上,那么现在我肯定百分之百地在听他说话了。“感觉像是……老古董。”“真的吗?是神经网络算法?”“是的,但还不止这些。飞飞,你不会相信算法的表现有多好。”我一直在思考这次的获胜算法。它的识别准确率高达85%,比上一年的冠军高出10个百分点,创造了计算机视觉领域的世界纪录。可以用一个数据来说明这个准确率的意义:我所看到的研究表明,人类的平均识别准确率约为97%,而这还是对简单得多的二元选择而言(比如判断一张照片上是否有动物)。相比之下,算法需要筛选上千个选项才能找到正确答案。因此,虽然这个算法还没有达到人类的水平,但已经比其他任何算法都更加接近,而且差距已经小到惊人。冠军算法名为AlexNet,是向这项技术和项目的主要作者、多伦多大学研究员亚历克斯·克里热夫斯基(Alex Krizhevsky)致敬。AlexNet是卷积神经网络(Convolutional Neural Network,CNN)的一个实例。卷积神经网络的叫法源于图形卷积过程。在这个过程中,一系列滤波器在图像上扫过,寻找与网络所识别事物相对应的特征。这是一种独特的有机设计,灵感来自休伯尔和威塞尔对哺乳动物视觉系统的观察,即视觉处理在多个层次上进行。就像在自然界中一样,卷积神经网络的每一层都会逐渐整合更多的细节信息,从而形成越来越高层次的感知,最终将真实世界的物体完整地呈现在我们的视野中。当然,这些并不是什么新的创意。自从贝尔实验室成功将卷积神经网络应用于手写邮编,杨立昆多年来一直对卷积神经网络保持着惊人的忠诚。在AlexNet诞生时,他已经花了20年时间坚持不懈地完善算法、发表研究成果,但一直没有必要的资源来充分实现这些成果。现在,几乎在一夜之间,这种常被视为误入歧途的执着似乎变得极具先见之明。杨立昆把自己的卷积神经网络算法巧妙地命名为LeNet(呼应他的英文名Yann Le Cun),其指导理念在AlexNet中熠熠生辉,宛如重生般焕发生机。这种联系让AlexNet背后的三人团队备受瞩目。他们都是多伦多大学的研究人员,负责人是与项目同名的亚历克斯·克里热夫斯基,以及他的合作伙伴伊利亚·苏茨克维(Ilya Sutskever)。这两个聪明的年轻人资历尚浅,仍在建立自己的声誉。然而,第三个名字立刻引起了我的注意:杰弗里·辛顿。就是这位辛顿,在20世纪80年代中期开发了反向传播技术,成为早期机器学习的先驱。反向传播的突破性方法首次实现了对大型神经网络的可靠训练。就是这位辛顿,曾经指导过彼时还是他实验室学生的杨立昆。和他的学生一样,辛顿拒绝放弃对神经网络的研究,即使这让他在同事中显得形单影只。看来,AlexNet绝不仅仅是一个参赛算法。这是一个历经四分之一个世纪的正名时刻。事实上,在ImageNet的帮助下,AlexNet焕发生机,它贪婪地吸收着ImageNet的内容,在ImageNet规模和多样性的土壤中生根发芽,茁壮成长。一直以来,神经网络并不需要更花哨的数学公式和更奇特的抽象概念。我们期待神经网络能够理解世界,而它们只是在等待我们提供更加清晰的图景,等待一些真正有学习价值的东西。大数据训练了LeNet去理解复杂的人类笔迹,现在它也在训练AlexNet去理解万物。后来我才知道,在2012年之前的几年里,辛顿重拾激情,想要证明神经网络的可行性。2011年,他认为自己比以往任何时候都更接近转折点,于是开始以一种既对抗又合作的方式与同事沟通,他的表达方式听起来更像是提出挑战,而不是提出问题。他跟同行探讨下一步行动计划,其中一个同行就是吉滕德拉。虽然他们两人早有交情,但吉滕德拉一直对辛顿的项目持怀疑态度。“我要怎么做,才能让你相信神经网络是未来的趋势?”辛顿问道。“你真的想打动我吗,杰弗里?那就让我看看它们能不能处理一些真正的任务。”“比如?”“比如物体识别,真实世界中的物体识别。”无论吉滕德拉对ImageNet有什么看法,他的确相信视觉分类的力量,这一点我在加州理工学院时就了解到了,“你参加过PASCALVOC吗?”“参加了啊。但没什么用,他们的数据集太小了,例子不够,所以我们给神经网络展示新图片的时候,泛化效果并不好。”“那你就需要更大的数据集。你关注过飞飞的实验室吗?等你准备好迎接真正挑战的时候,可以看看她组织的比赛。”不管吉滕德拉是真的对我的项目改变了看法,还是只是想打老朋友的脸(这两种情况似乎都有可能),辛顿都认真地听取了建议。ImageNet的数据广泛而全面,覆盖了世界上绝大多数物体。现在看来,AlexNet和ImageNet也属于相互成就。简而言之,这就是最大的不同——现在算法可以探索的数据范围大大增加了。一想到训练完成后AlexNet的层级中包含的内容,我就惊叹不已:形状、边缘、图案、纹理,涵盖我们多年来从互联网上捕捉到的所有人物、动物和物体。现实世界中幽灵般的碎片,以恰到好处的方式组织起来,供算法来查看。06历史刚被创造出来,而世界上只有少数人知道 第二天一早,消息就传开了。据传,会上将宣布一个具有历史意义的事件。这些含糊不清的传言激起了与会者的好奇心。当我到达时,研讨会现场已经人满为患,杨立昆本人不得不靠后墙站着,因为他稍微晚了几分钟,没能找到座位。从研讨会开始的那一刻起,现场的气氛就异常紧张,人群分成了三派。第一派是ImageNet的少数支持者,包括我、亚历克斯·伯格和辛顿实验室的成员。第二派占绝大多数,由中立但感兴趣的观察者组成。第三派虽然人数不多,但态度强硬,也最直言不讳。他们是那些从早期就反对ImageNet理念的批评者,虽然我通常不理会他们的态度,但在会议现场很难忽视他们的存在。李飞飞演讲视频截图更糟糕的是,我们并没有形成统一战线。辛顿无法亲自参会,因为他长期患有背部疾病,几乎不可能进行国际旅行,所以他派了亚历克斯•克里热夫斯基代他出席。亚历克斯非常有才华,也是算法的主要作者,所以可以代替辛顿。但就像许多杰出的人一样,他的个人表现与他工作成果的高度并不相符——我不确定他是否完全理解这一点。他的表现笨拙而轻率(这在学术界并不罕见)。一个典型的例子是,我在研讨会开始前多次给他发短信确认会面时间,但他完全没有回应(但幸好,他按时到了现场)。由于听众的怀疑态度空前高涨,他只摆事实、不带情感的演讲更难赢得他们的认同。提问环节一开始,现场的紧张气氛就越来越浓。我们听到了所有常见的抱怨:ImageNet太大了,不实用;没有必要包含这么多类别;物体识别模型还太原始,不需要如此庞大的数据集;等等。事实上,AlexNet几乎是逐点证明了相反的观点,但奇怪的是,观众却不信服。同时,也出现了一些新的批评声音,有些甚至非常离谱。一位与会者(来自顶尖大学的后起之秀)煞有介事地提出,描绘T恤的图片类别多样性不够,因而无法可靠地训练模型。对此我更多的是感到好笑。是认真的吗?T恤图片是致命弱点?会议现场的其他人也都一头雾水。但那些认真倾听的人得到了回报。在27张幻灯片中,大多数只有黑白文字和图表,却以我们从未见过的清晰方式展示了神经网络的本质,极具启示性。继罗森布拉特的感知机、福岛的新认知机和杨立昆的LeNet之后,AlexNet实现了计算机视觉领域的新跨越。这一步早就应该迈出,却历经了数十年的酝酿,现在终于横空出世,利用大型数据集充分彰显了潜力。尤其值得注意的是AlexNet的学习过程。与所有神经网络一样,AlexNet的初始状态是无形的、惰性的,就像虚空中的一块挂毯。然后,学习过程就开始了:面对从ImageNet库中随机选择的图片,神经网络的任务是从上千个标签中选择一个正确的标签,对图片进行标注。这个过程周而复始,不断重复。一开始,标注几乎是不可能完成的任务;AlexNet的数千万个神经元是随机配置的,对世界甚至连一点儿模糊的理解都没有,只会产生错误的结果。把一张蘑菇图片标注为“瓶盖”。错误。把一张拖车图片标注为“电吉他”。错误。把一张棱皮龟图片标注为“浴巾”。错误。但失败并非无用功。错误会触发纠正信号,在网络的数千万个组成部分中蔓延开来,同时对每个部分对于结果的贡献进行评估,并按比例推动它们下次采取不同的行动。这是最简单的学习方式:减少失败的行为,增加成功的行为。但学习的规模极大,算法会仔细审查每个错误的每个细节:每一片光影、每一个图案和纹理、每一个柔和的渐变和坚硬的边缘。在早期阶段,效果并不明显,当AlexNet再次看到类似它之前错误分类的图片时,很可能会再次出错。不过,错误会更小一些。如此循环往复,直到正确为止,哪怕只是靠运气。这一次,信号的目的是强化,而不是削弱:强化任何看似指向正确方向的东西。训练继续进行。错误。错误。错误。正确。错误。错误。正确。正确。错误。ImageNet规模巨大,算法学习也注定是个漫长的过程,即使只是为比赛挑选的1000个类别的子集,完成学习也需要很长时间。ImageNet涵盖了各种各样的对象,比如数字钟、篱笆、盘式制动器、秒表、意大利灰狗、微波炉、醋栗,每个类别都有上千个不同的品种。不过,AlexNet本身也是个庞大的网络。它有65万个独立神经元,通过6.3亿个连接组成网络,其中有6000万个微小的、几乎无法察觉的权重影响着连接的强度,当信号从网络的一端流向另一端时,一些连接会增强,另一些则会减弱。作为整体,这些连接提供了一张巨大的画布,足以描绘整个世界。在一轮又一轮的标注中,权重不断变化,有的变强,有的变弱,有的摇摆不定,形成了一种柔韧结构,对训练做出有机的优雅反应。承载这些庞大数据的是两个英伟达图形处理器,高度专业化的硅芯片并行工作,以最快速度进行着一轮又一轮运算。训练从早到晚不停地进行,直到每幅图像的每个像素都被研究完毕。几个小时变成几天,几天又变成一周。图形处理器推动之。ImageNet挑战之。AlexNet适应之。随着数以千万计的权重一次又一次地调整,整个网络出现了更庞大、更奢侈的结构。就像铁匠用锤子敲打发光的钢铁。每次微小的增量积累,直到近乎肉眼不可见的扰动变成山脉和山谷,延伸到数千维的超空间。这个网络是世界无数细节的幽灵般的均值,是1000种不同事物、每种事物1000幅不同照片留下的痕迹。这里有1000只达尔马提亚犬,那里有1000个洗衣篮,另一处有1000个马林巴琴。就像地质变化一样,种种印记凝聚成了地形,从AlexNet的一端延伸到另一端。削笔刀、清真寺、海星、曲棍球——所有事物都镶嵌在这个地形之中。算法不仅“看到”了这些东西,还成为它们。我们花了数年时间在互联网上搜寻照片,这些照片形成了完整多元的机器意识空间,原始而强大,成为世界一切事物的统一表征。在经过140万轮标注后,最后几张图片与其说是一场磨炼,不如说是一场加冕礼。网络的焦点穿过像素,随着熟悉模式的识别而亮起,并传递到下一层,与其他模式相结合,形成越来越强大的感知。算法的反应不再是随机的,大多数也不再是错误的。土狼。正确。台灯。正确。敞篷车。正确。显然,这是硬件、软件和数据的神奇组合,比计算机视觉领域所打造的任何成果都更接近于捕捉到塑造了人类这种哺乳动物思维的进化精神。ImageNet的多样性是在全世界众包志愿者的共同努力下实现的。它所形成的拓扑结构无比多样、强大,达到了圣杯的境地。AlexNet是计算机视觉领域有史以来最大的神经网络,它的训练数据比此前任何神经网络都要丰富,而且具备了泛化能力。我们要花上几个月的时间,才能真正理解在那个会议室里看到的一切,但即使在那一刻,我们也清楚地知道我们正在见证非凡之物。这么多年来,我一直希望ImageNet能够推动新事物的诞生,现在我终于明白,一切的一切,都是为了认可和表彰一种永恒的成就,我们对此刻期待已久。受生物学启发的算法几十年来一直凝视着我们,它只是需要适当的挑战,才能充分展现出来。这个下午也让我们有机会回顾计算机视觉领域在过去10年的发展历程。我的实验室将所有赌注都押在了长达数年的、规模空前的数据追寻上,而辛顿的实验室则将他们的声誉都押在了卷积神经网络这套几乎已经被专业领域抛弃的算法上。我们都在赌,都有可能赌错。但在那一天,当我们看到神经网络在ImageNet强大训练能力的支持下展现出的惊人能力时,我意识到,虽然两个项目都获得了认可,但这只是因为它们是同步发展的。所有参与者都不知道,我们的每一步都相互依赖。我往返佛罗伦萨的飞行时间比在佛罗伦萨当地待的时间还长。但在返程的航班上,我的感受与来时完全不同。飞机上的拥挤程度丝毫未减,我的疲惫感更加浓重,但思绪已经不再飞速奔涌——至少不像来时那样。我亲眼见证了成果。没有错误,没有疏忽,也没有文书方面的失误。神经网络起死回生,比以往任何时候都更庞大、更复杂、更强大。ImageNet已经教会了它们所需知道的一切,让它们在一次尝试中就达到了与人类能力相当的水平。生物视觉的出现导致远古海洋波涛下的寒武纪大爆发,距今已经5亿年。而如今,我们很难不去联想:我们是不是正处于一个类似拐点的边缘?机器视觉的兴起是否会引发一轮数字进化新浪潮呢?我在来时飞机上狂躁的思绪和焦灼的问题一扫而空,取而代之的是一种意外的感觉。不是平静,而是大悟,是沉思。这一次,从起飞到着陆,我一直静静地坐着,脑子里只回荡着一个念头:历史刚被创造出来,而世界上只有少数人知道。

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05/24

2024

AlphaFold 3重磅问世,准确性远超以往水平,给研究者“戴上一副高清眼镜”

图片来自DeepMind导读5月9日,《自然》杂志最新重磅论文,DeepMind与Isomorphic Lab联手推出最新的AlphaFold 3系统。该平台是在AlphaFold 2模型架构以及训练系统大幅提升下,可对大量生物分子系统结构进行更准确的预测。AlphaFold首次于2020年问世,它和此后升级的AlphaFold 2能根据蛋白质的氨基酸(蛋白质的基本成分)序列预测其3D结构。之后的AlphaFold-Multimer推动了对蛋白质-蛋白质复合物的预测。不过,扩大单一深度学习模型能预测的复合物一直很难,因为不同类型的特异性相互作用差异太大。此次发布的AlphaFold 3能预测蛋白质与其他蛋白质、核酸、小分子、离子、修饰蛋白质残基的复合物,以及抗体-抗原的相互作用,准确性显著超过当前的预测工具。齐 萱 | 撰文AlphaFold又迭代了!5月9日,AlphaFold3问世。最新一期《自然》论文报道,AlphaFold 3能以较高准确率预测蛋白质与其他生物分子相互作用的结构。相比于其他人工智能模型,AlphaFold 3准确率比之前的工具显著提升,该模型由谷歌(Google)DeepMind和Isomorphic Labs的团队研发。最新模型能预测含有蛋白质数据银行(Protein Data Bank)内几乎所有分子类型的复合物的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作用的能力,将拓展我们对生物过程的理解,并有望推动药物研发。01 AlphaFold 3面世,将引领生物医学新革命据介绍,AlphaFold 3以其前所未有的准确性,为药物设计领域注入了活力。 它不仅能够预测药物中常用的分子,如配体(ligands)和抗体(antibodies),与蛋白质的结合方式,还能揭示这些分子如何影响人体在健康和疾病状态下的蛋白质相互作用。与传统的预测方法相比,AlphaFold 3在PoseBusters基准测试中表现出了比以往AI工具高50%的准确性,且不需要任何结构信息的输入。这使得AlphaFold 3成为首个超越基于物理工具的生物分子结构预测系统的人工智能系统。图片来自DeepMindIsomorphic Labs的研究人员正将AlphaFold 3与一系列内部开发的AI模型相结合,共同推动药物设计领域的创新,他们不仅利用AlphaFold 3进行内部项目的药物设计,还与制药公司合作,共同开发新型药物。药物研发是一个漫长而复杂的过程,其中最大的挑战之一就是找到能够与特定蛋白质结合并影响其功能的分子。AlphaFold 3通过预测蛋白质的结构和相互作用,可以帮助科学家们更快地找到潜在的药物靶点,并设计出更加精准和有效的药物分子。这将大大缩短药物研发的时间,降低成本,并有望为患者带来更好的治疗效果。但AlphaFold 3也有一定的局限性,如约4.4%的结构会出现不正确的手性(一种对称特性),或是幻觉导致“飘带”(一种常见的蛋白质二级结构元素)的出现减少。AlphaFold 3模拟准确率的进一步提升,需要生成一个很大的预测集并对预测结构进行排序,而这会产生额外的计算成本。 02 AlphaFold3供科研人员免费使用为了让更多的科学家能够利用这一强大的工具,DeepMind不仅发布了AlphaFold的源代码和训练数据,还建立了免费的AlphaFold Server供全球科学家使用。AlphaFold Server平台的推出,意味着科学家无需承担高昂的实验成本和时间消耗,仅需通过简单的操作,即可利用AlphaFold3的强大能力,模拟由蛋白质、DNA、RNA以及特定配体、离子和化学修饰组成的结构。AlphaFold Server的易用性是其最大的亮点之一。生物学家们无需具备强大的计算机操作能力或机器学习的专业知识,便能轻松上手,生成精确的预测结果。这一特性极大地降低了科研门槛,使得更多的研究者能够参与到蛋白质结构预测的研究中来,共同推动科学进步。来自弗朗西斯·克里克研究所的Uhlmann实验室科学家Céline Bouchoux,对AlphaFold Server的推出给予了高度评价,她表示:“AlphaFold Server的推出不仅仅是预测结构,更是慷慨地提供访问权限:它允许研究人员提出大胆的问题并加速发现。”实际上,早在AlphaFold 2时代,这一工具就已经帮助科学家们预测了数亿个结构,极大地推动了蛋白质结构生物学的发展。如今随着AlphaFold 3的加入,AlphaFold Server的预测能力再次得到了显著提升,使得更多的科学问题迎刃而解。 此次AlphaFold 3的推出,如同为生物世界戴上一副高清眼镜,让科学家们能够前所未有的观察细胞系统的复杂性和细节,包括结构、相互作用和修饰。这一全新的视角揭示了生命分子的内在连接,并有助于理解这些连接如何影响生物功能——比如药物的作用机制、激素的产生以及DNA修复的保健过程。著名生物学家、中国科学院院士施一公教授曾评价AlphaFold,“依我之见,这是人工智能(AI)对科学领域最大的一次贡献,也是人类在21世纪取得的最重要的科学突破之一,是人类在认识自然界的科学探索征程中一个非常了不起的历史性成就。”03 AlphaFold的迭代历程从最初的构思到如今的广泛应用,AlphaFold以其惊人的预测能力和准确性,引领了结构生物学的一场革命。DeepMind运用先进的深度学习和神经网络技术,着手研究如何从蛋白质的氨基酸序列预测其三维结构。这一领域长期以来一直困扰着科学家,因为传统的实验方法如X射线晶体学和核磁共振虽然精确,但耗时且成本高昂。AlphaFold于2020年正式面世。AlphaFold 2以其卓越的性能和准确性,迅速成为了全球科研人员的得力助手。数百万研究人员利用AlphaFold 2在疟疾疫苗、癌症治疗、酶设计等多个领域取得了突破性的进展。目前,AlphaFold 2的引用次数已超过20,000次,AlphaFold 2开发者因其杰出的科学影响力荣获多项殊荣,包括最近的生命科学突破奖。AlphaFold系列的成功不仅在于其技术上的卓越性,更在于其广泛的应用前景。在药物研发领域,它帮助科学家加速药物的研发过程。此外,它还为工业界带来更高的效率和经济效益。参考资料1.AlphaFold 3 predicts the structure and interactions of all of life’s molecules2.DOI: 10.1038/s41586-024-07487-w

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05/16

2024

恭喜!斩获第四届安全科技进步一等奖!

喜报!喜报!在“北京冬奥全球传播态势感知与应急决策关键技术研究及应用”项目中,轻寻科技和CEO曾波双双斩获来自中国安全生产协会颁发的奖项——一等奖。团队一等奖!!!在此项目中,轻寻技术团队展现了非凡的专业素养和创新能力。他们有着坚实的技术支撑,在面对各种技术挑战时,都能迅速找到解决方案。不仅在技术层面,在团队协作和创新精神上。轻寻技术团队始终保持高度的责任感和使命感,以饱满的热情和严谨的态度投入到工作中。他们相互支持和鼓励,共同面对困难和挑战,展现出强大的凝聚力和战斗力。他们的努力为项目的获奖提供了有力的保障,发挥了不可或缺的作用!CEO曾波斩获个人一等奖太厉害啦!!!鼓掌???为表彰在促进安全生产科学技术进步工作中做出突出贡献的轻寻科技及其CEO曾波,中国安全生产协会特双双颁发证书!让我们再次恭喜我们的技术团队不负努力和期望,和CEO曾波双双斩获一等奖呀!这一喜讯令大家欢欣鼓舞,标志着轻寻科技及其CEO曾波在此项目中取得的卓越成就。这份荣誉是对我们技术实力和创新能力的认可。轻寻科技及其CEO曾波将带着这份喜悦和自豪,继续前行,做得更好更强!

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